Los fondos del Archivo, en contínuo proceso de actualización, están actualmente integrados por:

-Libros Sacramentales (Sección I, más de 950 legajos)

-Documentación sobre Málaga y provincia emanada especialmente de los órganos de gobierno de la Curia diocesana (Sección II y III, más de 300 legajos)

-Documentación sobre el Acueducto de San Telmo (Sección IV, casi 90 legajos)

-Expedientes matrimoniales (Sección V, fichados desde principios del s. XIX)

-Fondos Documentales del Hospital de Santo Tomás (Sección VI) en este enlace

-Colecciones del Boletín Oficial de la Diócesis (1857-2011), revista Ecclesia (1941-2020) y Acta Apostolicae Sedis (1909-2018)

Asimismo integran el fondo documental del Archivo una notable colección (más de 2000) de libros litúrgicos y de Teología, Sagrada Escritura, Cánones, Predicación Sagrada o Patrística, así como una importante colección de planos (unos 700) y más de 2000 fotografías (igualmente en proceso de clasificación y catalogación, no disponible aún para investigación)