El Archivo Histórico Diocesano está formado por documentación de la Diócesis desde el siglo XVI, tras la restauración del Obispado de Málaga por parte de los Reyes Católicos en la persona de Pedro de Toledo, si bien hay que significar que sufrió la casi total desaparición de sus fondos durante la noche del 11 al 12 de mayo de 1931, cuando el Palacio Episcopal fue pasto de las llamas provocadas por los disturbios que se produjeron tras proclamarse la Segunda República.

A día de hoy y, atendiendo a las exigencias de los tiempos y a las disposiciones de la Conferencia Episcopal, se le han incorporado los fondos históricos de varias parroquias que no fueron destruidos durante la Guerra Civil. El Archivo se abrió al público para la investigación el 6 de julio de 1978.