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La intervención realizada permite ahora contemplar y leer las distintas épocas de construcción del edificio, desde las fábricas del siglo XVI, en la nave central en la torre hasta su primer cuerpo de campanas, hasta la remodelación y ampliación del templo en el siglo XVIII, en que fue añadida la nave del Evangelio, se amplió la altura de la torre, elevando las campanas, y se abrieron ventanales en el nuevo coro y en la torre. A lo largo de los siglos se efectuaron distintas reparaciones en la portada y la torre

Las obras han respetado las aportaciones de todas las épocas, así como las pátinas, que constituyen el valor propio del bien, habiéndose realizado una eliminación de las capas de pinturas que recubrían los materiales originales. Estas modificaciones se diferencian por el color del mortero de cal por la arena empleada en su elaboración: la del siglo XVI de tono más grisácea y la más blanquecina, la del siglo XVIII.

Realizadas por la empresa Chapitel Conservación y Restauración, S.L. y dirigidas por el arquitecto técnico Pablo Pastor, las obras se han podido realizar  gracias al convenio de colaboración entre el Obispado de Málaga y el Ayuntamiento de Frigiliana, siendo el importe de la inversión realizada de 62.840,20€

La iglesia de San Antonio de Padua de Frigiliana, explica Pablo Pastor, «fue instituida en 1505, a instancias de la Reina Isabel, bajo la advocación de Santa María,  por  disposición  del  por  entonces  arzobispo  de  Sevilla  y  Metropolitano  de  Málaga el Dominico  Fray  Diego  de  Deza,  según  Bula  del papa  Inocencio  VIII y  confirmada  más  tarde,  en 1510,  por  el  papa  Julio  II. Probablemente  se  utilizaría inicialmente  la  primitiva  mezquita, reconvertida en templo cristiano. En 1630, Felipe IV otorgó el condado  de Frigiliana a Don Iñigo Manrique de Lara, alcaide del castillo y alcazaba, construyendo su palacio en esta localidad en 1640. Es por iniciativa de estos nobles el sufragio de la construcción de esta iglesia, sobre la antigua ermita. Para ello se encargaron los trabajos a D. Bernardo de Godoy, maestro mayor de las fábricas del obispado, quien, a finales de 1617, realizará las iglesias de Igualeja y Frigiliana. El  promotor de ambas actuaciones fue el obispo Dominico Fray Alonso de Santo Tomás, cuyo escudo figura sobre la portada de acceso».

Construida en estilo mudejar, inicialmente poseía una nave central  y  una nave del lado de la epístola, así como la torre, que era de un cuerpo menos en altura que la actual, donde se situaban las campanas. En la nave central, más alta y ancha que las laterales, destaca su armadura de madera de par nudillo y almizate, con tirantes de lazo que apoyan en ménsulas o canes, la nave lateral de menor altura, se cubre con simple armadura de madera de colgadizo, en sus muros se abren hornacinas  para albergar imágenes. En la última tiranta de la nave central que hay junto a la fachada figura la leyenda: "Bernardo de Godoy Maestro Maior me fesi desde cimientos año de 1676 años".

En 1779 se autoriza la ampliación de la Iglesia, donde se configura su aspecto actual interior más barroco, así como las actuaciones detalladas, que ahora se aprecian con más nitidez.