La Teología griega estudia a fondo el problema de Dios y el del Hombre-Dios. Fueron los teólogos griegos los que llevaron a cabo la formulación de los dogmas. Era explicable dado el carácter especulativo de los mismos, en el fondo herederos de una vastísima cultura filosófica. 

Los teólogos occidentales se ocuparon de los problemas prácticos y morales, como buenos descendientes de la civilización jurídica romana; por esta razón en sus sínodos trataban temas como el de la salvación del hombre, de la Redención, de la colaboración a la gracia, de la necesidad de la misma. Después de Calcedonia, las aguas seguían revueltas. Los monofisitas rechazaban las personas y los escritos de tres teólogos por ser sospechosos de nestorianismo; Teodoro de Mopsuesta, Teodoreto de Ciro e Ibas de Edesa. En realidad estos escritos merecían ser condenados, si bien en Calcedonia sus autores habían sido declarados inocentes pues se retractaron del contenido de los mismos. A esta controversia se le llamó la cuestión de los "Tres Capítulos". 

Los monofisitas convencieron al emperador Justiniano I a que publicara un edicto de condenación de los "Tres Capítulos" y de sus autores. Y así lo hizo (543), con gran indignación de los occidentales que veían en el edicto imperial un rechazo a las decisiones de Calcedonia. 

El emperador forzó al papa Virgilio (537-555) a presentarse en Constantinopla para resolver el conflicto. En enero del 547 llegó el papa a Constantinopla y fue tanta la presión que hicieron sobre él, que el indeciso papa publicó un documento: el Iudicatum (548) condenando los "Tres Capítulos". Este documento papal provocó en Occidente un gran malestar, pues fue considerado como un rechazo a Calcedonia y un triunfo del monofisismo. 

Alarmado el pontífice ante la reacción occidental revocó el "Iudicatum" y redactó un nuevo documento, el "Constitutum" (553) y aceptó la convocatoria para un nuevo concilio. En este documento el papa corrige en parte lo declarado en el "Iudicatum" y lo envía a la consideración de los Padres conciliares. 

El Concilio, en el que participaron unos 150 obispos, se enfrentó al papa condenando los "Tres Capítulos". El papa, cansado y enfermo, aceptó las decisiones del Concilio, sirviéndose de otro "Constitutum" (554). Este Concilio condenó una vez más el nestorianismo, pero no logró combatir del todo el monofisismo, que siguió, incluso, más fuerte que antes. El resultado final fue muy pobre, pues en lo dogmático no tuvo importancia y en lo pastoral no se consiguió la unión con los monofisitas. Pero, sobre todo, quedó malparada la figura del papa Vigilio. 

Un sínodo celebrado en Cartago lanzó la excomunión contra el papa. El mismo emperador ordenó que se borrara el nombre del papa de los dípticos de las iglesias. Sus afirmaciones y retractaciones desconcertaron a la Iglesia. En el 555 moría Vigilio.

Sus sucesores intentaron explicar a los occidentales el verdadero significado de la condenación de los "Tres Capítulos" y reconocieron este Concilio como el quinto ecuménico. pero la figura del papa Vigilio quedó maltrecha en la historia de la Iglesia. 

Y para concluir, no es aceptable en modo alguno la conducta de Justiniano I, que trató al papa Vigilio como un prisionero al que secuestró mediante la policía imperial en el año 545 mientras el pontífice celebraba misa. Fue conducido bajo escolta hasta Constantinopla y allí sometido a una prisión domiciliaria. Era la consecuencia de un lamentable cesaropapismo, muy en boga en aquellos siglos de nuestra historia.