Cada Concilio es una aclaración y una respuesta, bien a los errores doctrinales o morales de una época determinada o al análisis de un momento histórico en el que es necesaria la intervención del Magisterio de la Iglesia para iluminar a los seguidores de Cristo. Aclarado y definido el dogma trinitario en los concilios anteriores, en Éfeso comienza una serie de concilios cristológicos. Años antes, un obispo de Siria, Apolinar (310-390), sostenía una extraña doctrina: admitía que Cristo es una persona divina, dotado de dos naturalezas, la divina y la humana. Pero esta última era incompleta, pues carecía de alma humana. Y lo razonaba diciendo que el alma humana es capaz de error y de pecado y Cristo no podía pecar. Negaba pues la plena humanidad de Cristo. El vacío del alma humana era suplido por la divinidad del Verbo.

Apolinar fue condenado en Constantinopla I que definió: «Cristo es verdadero Dios y verdadero Hombre». Conviene entender bien los conceptos de naturaleza y persona. Gran parte de las discusiones y conflictos en los primeros concilios se deben a determinadas terminologías distintas y a veces opuestas. Naturaleza es lo que hace a una cosa ser lo que es, vgr.: a un hombre ser hombre, a Dios ser Dios. Persona es el sujeto poseedor de una naturaleza espiritual, vgr.: Juan es persona porque posee una naturaleza espiritual. Jesucristo tiene dos naturalezas, es hombre y es Dios. Es un único poseedor de ambas, luego es una sola persona. Definidas las dos naturalezas completas de Cristo, la divina y la humana, se planteaba el problema de cómo se unían en Jesucristo para formar la unidad personal. Y ahora es cuando entra en escena el patriarca de Constantinopla Nestorio, hombre de gran elocuencia, asceta y reformador del clero, el cual sostenía que a María no puede llamársele Madre de Dios, sino Madre de Cristo. María era tan sólo Madre del hombre en el que habitó el Hijo de Dios. Todo ello lo expresó en un célebre sermón, que motivó el escándalo y las iras del pueblo. En consecuencia, según Nestorio, existían en Cristo dos naturalezas tan completas e independientes que formaban dos personas, la divina y la humana, unidas ambas de una manera accidental. 

El efecto de esta interpretación era la negación de la Redención: quien sufre y muere en la cruz es la persona humana de Cristo. La Encarnación no es auténtica, pues Dios no se ha hecho hombre, sino que ha comenzado a vivir dentro de un hombre. A la protesta popular se sumó la indignación del patriarca de Alejandría, Cirilo, éste acusó a Nestorio de hereje. El papa desde Roma condenó este grave error. Como el tumulto a nivel eclesial y de la calle iba en aumento, el emperador Teodosio II (408-450) convocó en noviembre del 430 un concilio en Éfeso, e invitó al papa Celestino y a Agustín de Hipona, que no pudo ir pues murió el 30 de agosto del 430. Desde Alejandría, Cirilo embarcó con unos 50 obispos egipcios y abrió el concilio en junio del 431. Aún no habían llegado ni los legados del papa, ni los obispos antioquenos. Nestorio fue depuesto como hereje por unos 200 obispos y su doctrina fue condenada. María fue declarada como verdadera Madre de Dios. El pueblo de Éfeso manifestó su alegría con la célebre procesión de antorchas. Los legados romanos, llegados más tarde, confirmaron esta sentencia. El problema surgió con la llegada tardía de los obispos antioquenos dirigidos por su patriarca Juan. Organizaron por su cuenta una especie de concilio paralelo excomulgado a Cirilo de Alejandría. 

Años después las aguas volvieron a su cauce. Juan de Antioquía en el 433 propuso una fórmula de aclaración y de reconciliación. Cirilo la aceptó en su totalidad. El papa Sixto desde Roma, felicitó a los dos aprobando la fórmula y la reconciliación. Nestorio fue desterrado, pero el nestorianismo aún perdura. Muchos nestorianos huyeron a Persia y fundaron una iglesia independiente. En la actualidad existen unos 150.000 nestorianos cuyo patriarca reside en el Kurdistán. Al visitar hoy las ruinas de Éfeso, podemos admirar el pequeño templo donde se celebró el Concilio del que se conserva el ábside y algunas columnas en buen estado. Éfeso, en definitiva, confirma que la devoción a la Virgen María, como Madre de Dios es antiquísima en la Iglesia. El pueblo de Dios, en esta ocasión con su procesión de antorchas, se adelantó en catorce siglos a nuestros actuales Lourdes o Fátima.