Poco después, el cardenal Sapieha lo nombró coadjutor de San Florián, en Cracovia. Escribió por aquel entonces un drama en tres actos titulado “Hermano de nuestro Dios”, basado en un personaje polaco que de pintor bohemio se consagró a Dios. Una obra de gran contenido filosófico y teológico que sería llevada al cine. Karol Wojtyla supo compaginar una labor pastoral muy intensa con una dedicación a la Universidad como profesor de Ética. Fue un excelente profesor que causó una profunda admiración en sus discípulos.

En 1958 el papa Pío XII lo nombró obispo auxiliar de Cracovia. Dado que el obispo titular de la sede estaba enfermo, Monseñor Wojtyla se vio obligado a visitar a todas las parroquias de la diócesis. En estos años publicó un libro de gran profundidad, “Amor y responsabilidad”, y una obra de teatro, “El taller del orfebre”. Tras la muerte del obispo titular, en 1963, fue nombrado arzobispo de Cracovia. En esta etapa de su vida participó activamente en el Concilio Vaticano II: trabajó en la redacción de la “Gaudium et spes” y, especialmente, en la declaración “Sobre libertad religiosa”. Sus intervenciones, en un excelente latín, causaron admiración de los Padres Conciliares.

En 1967, Pablo VI lo nombró cardenal. Tenía entonces 47 años. Además de una labor pastoral muy responsable, escribió en aquellos años un importante libro de carácter filosófico titulado “Persona y acto”. Las autoridades comunistas polacas ante tal despliegue doctrinal empezaron a preocuparse. En Cracovia fundó el “Instituto de la Familia” para proteger y ayudar a madres solteras y mujeres en situación difícil. El papa Pablo VI, valorando sus cualidades, con frecuencia lo recibía en audiencia privada y lo invitó a dirigir una tanda de ejercicios espirituales a la que asistió el mismo Papa, junto a los miembros de la Curia. Por esta razón, en el futuro cónclave su figura era bastante conocida por los cardenales electores.