Un nuevo Papa, Julio III, en la bula "Cud ad tollenda" (1551) reanuda el Concilio en su segunda etapa. Las sesiones estuvieron poco concurridas. Destacaron los padres Laínez, Salmerón y Melchor Cano. Por indicación de Carlos V, llegaron invitados a Trento, delegados de ciudades protestantes alemanas; éstos, desde un primer momento, exigían la anulación de todo lo anteriormente elaborado en Trento, la imposición de lo establecido en Constanza sobre el conciliarismo y la desvinculación por parte de los padres conciliares del juramento de obediencia al Papa. terminaron por marcharse. 

Las sesiones XI y XII no ofrecen interés; en las comisiones se discutió ampliamente sobre la Eucaristía. En la sesión XIII se trató sobre la Eucaristía; se define como el sacramento más excelente de todos, instituido por Cristo, su presencia real y el misterio de la transubstanciación. Se establecen normas sobre la comunión a los enfermos, la reserva del Santísimo en los templos, el culto y la veneración debidos a la Eucaristía y la necesaria preparación para recibir este sacramento. La sesión XIV se centra en la doctrina católica sobre la penitencia y la extremaunción. De la penitencia se define su necesidad, institución, contrición, confesión, ministro y satisfacción. Acerca de la extremaunción se define su institución, el sujeto que la recibe, los efectos y el ministro de la misma. En la sesión XV se redactan cuatro capítulos y trece cánones sobre la misa, y tres capítulos y ocho cánones sobre el orden sacerdotal. En los decretos disciplinares se trató sobre la autoridad de los obispos, sobre la indumentaria de los clérigos y sobre la colación de beneficios. 

SUCESOS IMPREVISTOS

Una circunstancia imprevista motivó la suspensión del Concilio: la traición de Mauricio de Sajonia (1552), que puso en peligro la vida del emperador. La situación se complicó y los padres conciliares tuvieron que marcharse. El papa Pío IV, aconsejado por su sobrino Carlos Borromeo, convoca en 1562 la tercera y última etapa del Concilio. Las cuatro primeras sesiones de esta etapa no ofrecen especial interés; en ellas se discutieron y se prepararon los decretos dogmáticos y disciplinares de las sesiones posteriores.

La sesión XXI trata el tema de la comunión eucarística; se declara que no es necesario recibirla bajo las dos especies, pues en cada una de ellas se recibe íntegramente a Cristo. Establece que los párvulos no están obligados a recibirla. En la sesión XXIII se define el carácter sacrificial de la santa misa que renueva el sacrificio de Cristo en la cruz. Se dan normas para su celebración. Dedica el Concilio la sesión XXIII al sacramento del orden: su institución, su sacramentalidad, su jerarquía. 

En la sesión XXIV se expone la doctrina sobre el sacramento del matrimonio. Se define su institución, su naturaleza, su sacramentalidad, su indisolubilidad y el derecho de la Iglesia a establecer impedimentos matrimoniales. La sesión XXV y última contiene diversos decretos: sobre la existencia del purgatorio, sobre la veneración de los santos y sus reliquias, y sobre las indulgencias. En esta última etapa revisten gran interés los decretos disciplinares sobre la reforma del clero y del episcopado; se prescribe la fundación de seminarios en las diócesis; se recomienda a los obispos las visitas pastorales y la convocatoria de sínodos. El cardenal Morone clausura el Concilio. El papa Pío IV, por la bula "Benedictus Deus" (1564), confirma y aprueba todos los cánones y decretos. Una comisión de cardenales vigilará el cumplimiento de los mismos. El éxito de este Concilio se debió a su aplicación posterior, obra de los grandes papas reformadores. Este Concilio no consiguió restablecer la unión entre cristianos. Pero tampoco la Iglesia, por conseguir la unidad, podía renunciar a ser ella misma. Trento reformó, pero no innovó. No inventó nuevas doctrinas, pero profundizó en el conocimiento de las mismas. No creó un cristianismo nuevo, pero sí rejuvenecido. Y si no consiguió la reconciliación con los protestantes, sí iluminó claramente la conciencia de los católicos.