Entre 1545 y 1549 se celebró la primera etapa de este Concilio. Invitados los protestantes, no quisieron asistir. En aquel mismo año, Lutero escribió su opúsculo "Contra el papado romano fundado por el diablo". La asistencia de Padres conciliares a las diversas sesiones fue irregular; tenían derecho a voto los cardenales, los obispos, los superiores generales de las órdenes religiosas y los abades en grupos de tres. Los teólogos desempeñaron como consultores un papel importante; destacaron los españoles Salmerón, Laínez, Melchor Cano, Castro, Vega y el obispo de Jaén, Pacheco.

En las tres primeras sesiones, se determinó la metodología a seguir: los temas se discutían en las congregaciones particulares, compuestas por teólogos y obispos; en las congregaciones generales se analizaba lo elaborado y en las congregaciones solemnes (sesiones) se daban los decretos y las definiciones conciliares. También se decidió el alternar lo dogmático con lo disciplinar.

En la sesión IV, se aprobaron los decretos sobre la Sagrada Escritura y la Tradición. Se definió el canon del Antiguo y el Nuevo Testamento, se reconoció el valor de la Tradición y se declaró la autenticidad de la Vulgata. Se prohibió, bajo pena de excomunión, la edición de los libros sagrados sin la debida autorización de la autoridad eclesiástica competente.

La sesión V precisa el sentido del pecado original, su transmi- sión por propagación a toda la descendencia de Adán, su perdón por el bautismo y expresamente se declara, contra los protestantes, que la concupiscencia no es pecado, aunque incline al pecado. En definitiva se rechaza el optimismo pelagiano que niega la existencia del pecado original en los descendientes de Adán y el pesimismo luterano que sostiene que el pecado original ha dañado intrínsecamente al ser humano, privándole de la libertad.

La sesión VI trata sobre el tema de la justificación (una de las páginas más bellas del magisterio eclesiástico de todos los tiempos). Se proclama que nuestra justicia (salvación) es obra de Cristo; que la fe es necesaria, pero sola no basta; que las buenas obras son necesarias para la salvación; que el hombre conserva el libre albedrío (la libertad) a pesar del pecado original.

El Concilio evita el optimismo que exagera el valor de la libertad humana y que minimiza el pecado; como el pesimismo luterano que considera al hombre dañado en su raíz y por tanto esencialmente corrompido; como el determinismo, también luterano, que sostiene que el hombre actúa y peca por necesidad al carecer de libertad. Según Trento, aunque el hombre esté marcado por el pecado goza de libertad suficiente como para ser responsable de sus actos. Es Cristo quien nos salva, pero el hombre ha de participar activamente en al salvación con sus buenas obras.

La sesión VII define que los sacramentos son siete, que todos han sido instituidos por Cristo y que dan la gracia. También en esta sesión se precisa la doctrina de la Iglesia sobre los sacramentos del bautismo (14 cánones) y de la confirmación (3 cánones).

Paralelamente, desde la sesión III a la VII, se promulgaron decretos de reforma referentes a obispos y clérigos, como la obligatoriedad de predicar en domingos y fiestas bajo vigilancia episcopal, la obligación de la residencia, las cualidades necesarias para el candidato al episcopado, el establecimiento de cátedras de Escritura en las iglesias mayores y en los conventos.

El 11 de marzo de 1547, al declararse una epidemia en Trento, el Papa decide trasladar el Concilio a Bolonia. Los obispos imperiales permanecieron en Trento. Los legados pontificios y la mayoría de los padres conciliares marcharon a Bolonia. No hubo cisma; unos y otros se ocuparon de cuestiones secundarias. En Bolonia se celebraron las sesiones IX y X. No se promulgaron decretos dogmáticos, ni disciplinares. El Papa, dos meses antes de morir, suspende temporalmente el Concilio (1549).