En 1250 murió el emperador Federico II. La sede imperial quedó vacante, el "Gran Interregno". En 1268 es ejecutado en Nápoles su nieto Conradino; con su muerte quedó extinguida la dinastía de los Staufen. En 1273 Rodolfo de Habsburgo es designado emperador; el Imperio quedará vinculado desde entonces a la casa de Austria. El título de emperador se convertirá más bien en una dignidad nominal.

Es Francia la nación que, por ser el centro intelectual y económico de Europa, se convierte en la primera potencia de la Cristiandad. Italia y, en concreto los Estados Pontificios, viven en una grave anarquía. Roma es una ciudad inhabitable; dada su inseguridad los papas deciden residir en Viterbo, Orvieto o Perusa. El papado busca la alianza y la protección de los soberanos franceses. Los papas posteriores al Concilio I de Lyon tuvieron escasa importancia; dos de ellos eran franceses. El Colegio cardenalicio estaba muy dividido. Los cónclaves se eternizaban. Tras un largo período de "sede vacante" fue elegido Gregorio X (1271-1276).

Su pontificado fue muy corto y la elección muy acertada. Teobaldo Visconti, que así se llamaba el nuevo papa, era un seglar, arcediano de Lieja, de noble origen. Estudió en París, donde conoció a santo Tomás de Aquino y a san Buenaventura. Recibió la ordenación sacerdotal, la consagración episcopal y la coronación papal en San Pedro de Roma. Su gran obra como papa fue la convocatoria a un concilio que habría de celebrarse en la ciudad de Lyon y en el interior de la Catedral de San Juan. Asistieron unos 500 obispos, 70 abades y unos 1.000 clérigos; entre ellos personalidades como san Buenaventura, san Alberto Magno, Pedro de Tarantasia (futuro Inocencio V) y Petrus Hispanus (Juan XXI). Fue invitado santo Tomás de Aquino, pero murió en el viaje. El único rey asistente fue Jaime I de Aragón. También fueron invitados el emperador Miguel VIII Paleólogo y el Patriarca griego de Constantinopla, pues uno de los objetivos del Concilio era poner fin al cisma griego.

El discurso inicial estuvo a cargo del Papa. Expuso el triple objetivo conciliar: la ayuda a Tierra Santa, la unión con la Iglesia Oriental y la reforma de las costumbres. En la segunda sesión se definió dogmáticamente la procesión del Espíritu Santo: procede del Padre y del Hijo, no como de dos principios, sino como de un principio único. Privadamente el Papa fue negociando ante los representantes de las provincias eclesiásticas la concesión de un diezmo destinado a la Iglesia de Oriente. En la tercera sesión, Pedro de Tarantasia predicó un sermón sobre la unión de la Iglesia Griega. Se establecieron algunos cánones sobre órdenes sagradas, sobre provisiones eclesiásticas y sobre decretos de excomunión y entredichos. Al final de esta sesión llegaron los embajadores griegos con una carta de Miguel Paleólogo dirigida al Papa. Estos embajadores, entre ellos varios eclesiásticos, se adhirieron al Primado de Roma.

En la cuarta sesión se proclamó la unión de las Iglesias Latina y Griega, aceptando los griegos el abandono del cisma y la "total obediencia" al Romano Pontífice. Con un solemne "Te Deum" y con el cántico del credo en latín y en griego con la fórmula del dogma "Qui ex Patre, Filioque procedit", terminó la sesión. En la quinta sesión se publicó el decreto "Ubi periculum". Éste determinaba que a los diez días de la muerte de un papa, se reunieran los cardenales en una misma sala sin conexión con el mundo exterior (cónclave). Curiosamente se penalizaba a los cardenales con un solo plato al mediodía y a la noche, si pasados tres días no habían elegido al nuevo papa; y si pasaban cinco días se les serviría pan, agua y vino. Se pretendió atajar con este decreto uno de los males de la época: la sede vacante en la Iglesia Romana durante meses e incluso años por la indecisión del colegio cardenalicio a la hora de elegir un nuevo papa. En la clausura del Concilio, el Papa públicamente se comprometió a la reforma de la vida y costumbres de obispos y clérigos, ya que por falta de tiempo no se trató esta cuestión.

Desgraciadamente, la unión de ambas iglesias fue efímera, pues estuvo motivada más por intereses políticos que por convicciones religiosas. En 1282 volvieron a separarse. Terminado el Concilio, Gregorio X regresó a Italia, con intención de residir en Roma, pero no llegó pues murió en el camino (Arezzo). Su inesperada muerte impidió un interesante nuevo rumbo en la marcha de la Iglesia.  Hoy este Papa es venerado como santo.