Para comprender el motivo y el significado de este Concilio hay que remontarse a algunos años anteriores al mismo. El papa Honorio III coronó como emperador al nieto de Barbarroja, Federico II (1220). Éste prometió bajo juramento renunciar a sus pretensiones sobre Sicilia y organizar una Cruzada a Tierra Santa. Pero no cumplió su juramento. El emperador unió la corona de Alemania con la de Sicilia en su hijo Enrique y esta decisión ponía en serio peligro la seguridad de los estados Pontificios. Tampoco emprendió la Cruzada a Tierra Santa ante la grave situación de los Santos Lugares por los ataques de los musulmanes. El papa Gregorio IX, ante tal actitud, lo excomulgó (1227). En adelante, Federico II que tanto debía a su tutor Inocencio III y al papa Honorio, se convirtió en el gran enemigo del pontificado. La reacción del emperador fue violentísima; su ensañamiento hacia la Iglesia, indescriptible. El Papa volvió a excomulgarlo exonerando a todos sus súbditos del juramento de fidelidad (1229). Gregorio IX huyó de Roma. Los atropellos contra la Iglesia promovidos por el emperador aumentaron: incautación de los bienes de los monasterios, encarcelamiento y muerte a sacerdotes, destrucción e incendio de templos, procesos a presuntos herejes con penas de muerte. Razón por la cual Gregorio IX organizó la Inquisición episcopal y papal como medida para evitar los abusos imperiales. Fueron diez años de atropellos contra la Iglesia. El Papa mandó predicar una especie de cruzada moral contra Federico II. En 1240, Gregorio IX convocó un Concilio, pero Federico II temeroso de que volvieran a condenarlo, mandó interceptar los navíos en los que viajaban los padres conciliares, apresando a tres cardenales y a unos cien obispos. Unos murieron ahogados, otros asesinados y otros encarcelados. Nunca jamás en la Edad Media,
el pontificado y la Iglesia habían sufrido tanto. En 1241, muere Gregorio IX sin haber podido celebrar el concilio y tras un largo periodo de sede vacante fue elegido Inocencio IV (1243-1254). El nuevo pontífice intentó conseguir una reconciliación con el emperador, pero fue inútil.

Al ser Roma una ciudad insegura marchó el nuevo papa a la ciudad libre de Lyon y allí convocó el Concilio I de Lyon (Lugdonense I). Asistieron unos 150 participantes, la mayor parte de Francia y de España, pocos de Italia e Inglaterra y muy pocos de Alemania. El discurso de apertura fue lo mejor del concilio. El Papa expuso los males que afligían a la Iglesia, comparándolos con las "cinco llagas de Cristo": la persecución de la Iglesia por parte del emperador, la caída de Jerusalén en manos de los sarracenos, la irrupción de los mongoles en Hungría, el cisma de los griegos y los pecados de los obispos y de los fieles. Fue condenado sin paliativos el emperador y depuesto de su cargo, pese a la defensa de su representante. No se publicó ningún decreto dogmático; sólo se trataron cuestiones referentes a la liturgia de los sacramentos, a la elección de los obispos, a la celebración de los cónclaves, a la forma de los juicios eclesiásticos y a otros asuntos de índole moral y penal. El asunto central del Concilio fue la sentencia contra el emperador, acusado de perjurio, de perseguir a la Iglesia, de perturbar la paz y de ser sospechoso de herejía.

Desde 1246 hasta 1250, las luchas entre los güelfos (partidarios del papa) y gibelinos (partidarios del emperador) ensangrentaron el norte de Italia y el centro de Alemania. En Parma, los ejércitos imperiales sufrieron una grave derrota, lo que debilitó el prestigio de Federico II. En 1250 muere el emperador en Apulia no sin antes reconciliarse con la Iglesia y recibir los santos sacramentos, lo que muestra que nunca había perdido la fe. Sin embargo, Dante lo condenó al infierno. La sede imperial quedó vacante durante el "Gran Interregno". Esta pugna entre Pontificado e Imperio fue lamentable. Años después el Pontificado sufrió la grave crisis del "Destierro de Aviñón" y el Imperio quedó fragmentado en una confederación de múltiples estados independientes.

La lucha por el "dominium mundi" había sido un fracaso para los papas y para los emperadores. El resultado adverso de las cruzada, promovidas por papas y reyes, es un índice significativo de la decadencia de los dirigentes del Occidente cristiano en esta etapa de la historia.