En la misma noche de la muerte del papa Honorio II (1130), veinte cardenales eligieron de inmediato a Inocencio II con el beneplácito de la familia de los Frangipani. Poco después veintitrés cardenales eligieron a Anacleto II de la familia rival de los Pierleoni. Esta doble elección dio origen a un cisma que duró ocho años. 

El antipapa Anacleto II gozaba de la simpatía de los romanos y logró mantenerse en Roma. Inocencio II huyó por mar a Francia. Fue san Bernardo quien en un sínodo intervino eficazmente en este problema; apostó por Inocencio II pues había sido elegido antes que su rival. Francia, Inglaterra y España aceptaron esta proposición. 

En aquellos ocho años ocurrieron muchas discusiones y conflictos de orden político y canónico sobre la legitimidad del verdadero papa, originando una cierta división en la Cristiandad. 

En 1138 muere el antipapa Anacleto y con su muerte terminó el cisma. Al año siguiente el papa Inocencio II convocó el Segundo Concilio de Letrán, con la finalidad de dar oficialmente por terminado el cisma. El número de participantes oscila según las fuentes entre 500 y 1.000, algunos de ellos procedentes del Oriente cristiano. En la sesión inicial, el Papa anuló todos los decretos de Anacleto II, depuso a todos los obispos y abades nombrados por él y se mostró intransigente con todo lo realizado por su rival. San Bernardo lamentó esta actitud. 

El Concilio condenó ciertos errores dogmáticos divulgados por predicadores populares como Pedro de Bruys y que dieron origen a la secta de los petrobrusianos. Éstos consideraban inválido el bautismo a los niños, defendían la destrucción de los templos, rechazaban la cruz, negaban la presencia de Cristo en la Eucaristía, declaraban la inutilidad de los sufragios y oraciones por los difuntos. Toda la legislación conciliar estuvo inspirada por los cánones de la reforma gregoriana. Prohíbe una vez más la simonía, la usura, el uso de las armas mortales, los torneos, la investidura laica, el concubinato clerical. 

Se impone la "Tregua de Dios". Se prohíbe a los monjes el estudio de la medicina y del Derecho romano. Se declara inválido y nulo el matrimonio de los clérigos a partir del subdiaconado pues hasta entonces el matrimonio clerical era considerado como ilícito. 

El canon 28 confiere a los cabildos catedralicios y a los superiores de la órdenes religiosas el derecho a elegir al obispo. En total de los 30 cánones, solamente dos conciernen a la fe; los restantes tuvieron naturaleza disciplinar. 

El ambiente en la Roma de aquellos años era de una marcada inestabilidad política y que afectaba al Papa como soberano de los Estados pontificios. Un canónigo de san Agustín llamado Arnoldo de Brescia, discípulo de Abelardo, gran predicador fue también condenado en este Concilio. Criticaba el poder temporal del Papa y la corrupción del clero. Años después, desterrado marchó a Francia, de donde también fue expulsado. A la muerte de Inocencio II, retorna a Roma y proclama la República Romana. En 1155 fue condenado a la hoguera. 

Los Concilios medievales, en general, se centran más en problemas disciplinares que en dogmáticos. La razón es debida a la menor existencia de herejías en este período de la historia, y a la mayor necesidad de reformas en las costumbres y en los comportamientos morales del clero y del pueblo cristiano de la época.