Juan Duarte nació en Yunquera el 17 de marzo de 1912. Sus padres fueron Juan Duarte Doña y Dolores Martín de la Torre. De este matrimonio nacieron diez hijos, de los que sobrevivieron seis, Juan era el cuarto de ellos.  Su padre era un labrador autónomo, con bienes suficientes para no tener que trabajar por cuenta ajena, aunque no para llevar una vida desahogada; hombre de campo de recia piedad; miembro veterano de la Adoración Nocturna, como recuerda la insignia expuesta en el chinero de su casa, que mantuvo una relación muy estrecha con su hijo Juan, desde que era pequeño, y aún más cuando le comunicó su deseo de ingresar en el Seminario. Era, sin duda, su hijo preferido, lo cual nunca despertó celos en sus hermanos, pues ellos también le tenían como el mejor de todos     Fue bautizado en la parroquia de la Encarnación de Yunquera, donde recibió también la Confirmación. De la recepción de estos sacramentos no hay partidas, porque el archivo parroquial fue totalmente destrozado en el año 1936 y las hojas de sus libros sirvieron para envolver los productos que se adquirían en la iglesia, convertida entonces en economato.

Ingresó en el Seminario en el curso 1925-1926, a la edad de trece años. A decir verdad, fue una decisión que a nadie sorprendió, pues desde muy pequeño ya mostró su cercanía y su inclinación hacia la Iglesia. Y se sentía tan firme en su vocación que cuando, ante los insuficientes medios económicos de la familia, el padre le planteó cómo podrían pagar sus estudios, él sin vacilar respondió: "No se preocupe, el Señor le va a ayudar".  En el Seminario Juan se sintió perfectamente, pues más que un internado se encontró una verdadera familia, con un auténtico padre –el rector– y un excelente director espiritual, el P. Soto.   Juan quería mucho al Seminario, como permanentemente pudieron constatar sus padres y sus hermanos. Cuando estaba en el pueblo pasando las vacaciones de verano, contaba los días que faltaban para el regreso. Y en una ocasión muy señalada, cuando, después de la quema de iglesias y de conventos en Málaga en mayo del 1931, se planteó la necesidad de regresar al Seminario y su padre le pidió que aplazara su vuelta hasta que la situación política se normalizase, Juan Duarte fue de los valientes que volvieron al Seminario, dispuestos a emprender aquella nueva etapa, huérfanos de su Obispo tan querido, D. Manuel González, y con muy escasos recursos económicos, pero con unos superiores que vivían ya el ideal expresado en aquellos días por el propio D. Manuel: "Espíritu Santo, concédenos el gozo de servir a la Madre Iglesia de balde y con todo lo nuestro".

Durante los años de Seminario, Juan era, como decía el Padre Soto, "un seminarista ejemplar". Inteligente y estudioso, fue aprobando siempre con las máximas calificaciones. Reconociendo su capacidad, en los últimos cursos se le encomendó la tarea de prefecto de los seminaristas menores, educador de ellos. Era alegre y sencillo, de lo cual tuvieron constancia los niños del catecismo de la parroquia de la Victoria y los de Yunquera. De él y de otros dos seminaristas, José Merino y Miguel Díaz, también de Yunquera, se decía que en sus vacaciones traían la alegría al pueblo. Era muy notable su profunda vocación apostólica. Contaba a este respecto su hermana que Merino le dijo un día: "Cuando sea sacerdote, quiere irse a las misiones".  El 1 de julio de 1935 recibió el Subdiaconado; de la noche anterior tenemos una plegaria a la que él alude en una emotiva carta al Obispo Don Manuel González: "¡Con qué ganas me pongo en brazos de la Iglesia y con qué ganas le pido al Señor que me quite la vida si no he de servirla con la alegría que inunda mi alma el día que a ella me entrego!".   Al año siguiente fue ordenado Diácono en la Catedral de Málaga, el 6 de marzo de 1936.

Duarte, sin embargo, dudaba de su capacidad para afrontar el martirio "si llega el momento", como le confesó un día a su amigo Merino.  A este arrojo y valentía de Duarte bien pueden llamársele "parresía", esto es, libertad recibida del Espíritu para decir y hacer lo que él quiere. Su familia y los que le trataron de cerca en aquellos meses saben que una respuesta que frecuentemente salía de sus labios cuando alguien le advertía que la situación empeoraba era: "¡El Señor triunfará, el Señor triunfará!

Quizás ese arrojo o "parresía" fuese la razón última de por qué no fue martirizado en El Burgo como sus dos compañeros José Merino Toledo y Miguel Díaz Jiménez, y se lo llevaran a Álora para matarle en este pueblo, después de una semana de torturas y humillaciones.   Su detención ocurrió el 7 de noviembre, por la delación de alguien que, tras un registro fallido llevado a cabo en su casa, le vio asomarse a una pequeña ventana para respirar aire puro después de varias horas, sin luz ni ventilación, en una pequeña pocilga que le había servido de escondite.  Cuando los milicianos pegaron en la puerta, sólo se encontraban en casa su madre y él, pues de sus hermanas dos habían ido al campo para lavar la ropa y la otra, la más pequeña, Carmen, se encontraba aprendiendo a bordar para confeccionarle la cinta con la que sus padres atarían las manos de Juan en su ordenación sacerdotal.

De su casa le llevaron al calabozo municipal, y de allí, con los otros dos seminaristas, José Merino y Miguel Díaz, sobre las cuatro de la tarde, lo trasladaron a El Burgo, donde quedaron sus dos compañeros, martirizados en la noche del 7 al 8, mientras Juan fue llevado, por la carretera de Ardales, hasta Álora.   Los motivos para no asesinar a Juan en El Burgo, como hicieron con los otros, y llevarlo a Álora no son suficientemente conocidos, pero parece ser fruto de un acuerdo del Comité Local de Yunquera con algún dirigente revolucionario de Álora.   En Álora, fue llevado primeramente a una posada y, después, a la Garipola o calabozo municipal, en el que durante varios días fue sometido a torturas sin cuento, con las que pretendían forzarle a blasfemar. Pero él siempre respondía: "¡Viva el Corazón de Jesús!" o "¡Viva Cristo Rey!".

Las torturas y humillaciones a las que fue sometido en la Garipola fueron muy variadas.   De cómo se desarrollaban estos paseos hay testimonios de varios familiares y amigos, ya difuntos.   La buena gente de Álora vivió la pasión de Juan Duarte como la de un hijo o hermano muy querido. Fueron muchos los que deseaban que aquel sufrimiento, aquella insoportable muerte lenta acabase de una vez. Para hacerle renegar de la fe.   Como la indignación de mucha gente de Álora aumentaba por días y la actitud de Juan Duarte se hacía más provocadora –pues con serenidad preguntaba a sus verdugos si no se daban cuenta de que lo que le hacían a él se lo estaban haciendo al Señor–, los dirigentes del Comité decidieron acabar con él. Esta muerte se llevó a cabo en la noche del día 15 de noviembre. Lo bajaron al Arroyo Bujía, a kilómetro y medio de la estación de Álora, y allí a unos diez metros del puente de la carretera, lo tumbaron en el suelo y con un machete lo abrieron en canal de abajo a arriba, le llenaron de gasolina el vientre y el estómago y luego le prendieron fuego.

Durante este último tormento, Juan Duarte sólo decía: "Yo os perdono y pido que Dios os perdone... ¡Viva Cristo Rey!".   Las últimas palabras que salieron de su boca con los ojos bien abiertos y mirando al cielo fueron: "¡Ya lo estoy viendo... ya lo estoy viendo!"  Los mismos que intervinieron en su muerte contaron luego en el pueblo que uno de ellos le interpeló: "¿Qué estás viendo tú?". Y acto seguido, le descargó su pistola en la cabeza.   Pocos meses después, el 3 de mayo, su padre, hermanos y otros familiares se presentaron en Álora para exhumar su cuerpo, fácil de encontrar bajo la arena, pues había sido enterrado por unos vecinos a tan poca profundidad que su hermano José, como él mismo contó, con sólo escarbar con sus manos, topó enseguida con sus restos.