Aunque el primer templo de Fuente de Piedra data del siglo XVI, es en el siglo XVII cuando se considera iglesia parroquial ya que, hasta entonces, era una ermita que dependía de Antequera. Como tantas otras parroquias de la diócesis, sufrió los estragos del terremoto de finales del siglo XVII y, tras su reconstrucción sobre el templo anterior, fue bendecida en 1889 por el entonces obispo de Málaga, beato Marcelo Spínola.

Como afirma el consistorio de la localidad en su página web «la advocación de la Virgen tuvo sus inicios con anterioridad al nacimiento del pueblo bajo la denominación de “Misericordias”. Pero las singulares características del pueblo propiciaron que los vecinos y enfermos que venían a tomar las aguas “virtuosas” de la fuente de la piedra la llamasen la Virgen de las “Virtudes”, al entender que era Ella quien confería las propiedades al agua».

En cuanto al nombre del pueblo, son muchos los historiadores que se inclinan a creer que su origen se debe a las propiedades curativas de sus aguas sobre el mal de piedra, ya fueran cálculos renales o de la vejiga. Las aguas de este pueblo alcanzaron tal fama que, antiguamente, «cuando se transportaban a otros lugares, había que dar fe de su procedencia por medio de un escribano y el cura de la iglesia sellaba las vasijas, que se llegaron a exportar al Nuevo Mundo y a Nápoles».

La iglesia de Ntra. Sra. de las Virtudes es de planta basilical y consta de tres naves separadas por arcos de medio punto. En el altar mayor, destaca un retablo neoclásico en el que se ubica el camarín que alberga a la patrona de la localidad, María Santísima de las Virtudes, obra del escultor  malagueño Navas Parejo. Ya en el exterior, destaca la torre campanario, de espadaña esquinada, lo que le confiere cierta originalidad. El párroco de la localidad, José Miguel Antequera, afirma de Fuente de Piedra que es «el lugar donde el sol ilumina el rostro de la Virgen».