Nació en Calatayud (Zaragoza), el 14 de diciembre de 1929. Después de haber realizado sus Estudios Primarios y Bachillerato en su localidad natal, ingresó en la Congregación de Misioneros Claretianos en Vich, donde hizo su profesión religiosa el 8 de septiembre de 1946.

Curso sus estudios de Filosofía y Teología en los Seminarios de Solsona y Valls, donde fue ordenado sacerdote el 28 de junio de 1953. Más tarde se doctoró en Teología en Roma defendiendo su tesis sobre la Maternidad Divina de María. Y amplía sus estudios en 1956 en la Universidad de Lovaina (Bélgica). Se dedica a la docencia de Teología en los Seminarios Claretianos de Valls, Salamanca y Roma, y a partir de 1967 en la Universidad Pontificia de Salamanca, donde fue nombrado Rector en 1971. Su tarea en el estudio y la enseñanza fue siempre una forma de revisar y enriquecer la vida de la Iglesia.

Dirigió desde 1966 a 1971 la revista “Iglesia Viva” y “Ephemerides Mariológicas”. Son abundantes sus escritos, principalmente sobre mariología, pastoral de los Sacramentos, relación fe y cultura, fe y política y el descubrimiento de Dios. En agosto de 1979 es nombrado obispo de León, y es consagrado obispo el 29 de Septiembre de 1979.

En 1982 es elegido Secretario General de la Conferencia Episcopal Española, y ante la incompatibilidad para llevar ambas misiones, renuncia a la sede de León en junio de 1983. En 1988 tiene que renunciar a ese cargo, pues la Santa Sede le nombra Arzobispo Coadjutor de Granada, donde llega el 5 de junio de 1988.

En 1990 es elegido como Gran Canciller de la Universidad Pontificia de Salamanca, a lo que tiene que renunciar poco después, pues el 3 de julio de 1991 es nombrado Arzobispo-Administrador Apostólico de la Diócesis de Málaga, en el que tomó posesión el 15 de septiembre de 1991. Y durante dos años se dedicó con plena entrega a esta tarea.

Fueron tres ejes fundamentales a los que dedicó su acción pastoral: 1.- Lanzamiento de unas líneas prioritarias de evangelización. 2.- La construcción de la Casa Sacerdotal en parte de los edificios del Palacio Episcopal, inaugurada en 1994. 3.- Inicio de la campaña “Templos para Málaga en el futuro”, para dotar de nuevos templos parroquiales a la barriadas en expansión, tanto en la capital, como en las ciudades de la costa. Asimismo, D. Fernando fue presidente fundador de la Fundación Victoria, que continúa la labor educativa iniciada por el Cardenal Herrera Oria en zonas rurales.

El 26 de marzo de 1993, fue nombrado por la Santa Sede Arzobispo de Pamplona y obispo de Tudela. Y el día 23 de mayo de 1993 hizo la entrega del obispado malagueño a D. Antonio Dorado Soto, en un acto solemne en la Catedral de Málaga. Es obispo de las diócesis navarras hasta el 31 de julio de 2007, al conocerse el nombramiento de su sucesor Mons. Pérez González, que toma posesión el 30 de septiembre de ese año. Desde entonces, Mons. Sebastián traslada su residencia a Málaga.

El 22 de febrero de 2014, Fiesta de la Cátedra de San Pedro, el Papa Francisco le nombra cardenal de la Iglesia Católica.