Dicha restauración no solo mejorará la imagen del templo, situado en una de las entradas de la ciudad por la carretera de Córdoba y hacia la Cruz Blanca, sino que también solventará el peligro que suponía por su deterioro. 

El proyecto se llevará a cabo gracias a un acuerdo entre el Ayuntamiento de Antequera y el Obispado de Málaga, quien se hará cargo de la rehabilitación de esta fachada por parte de una empresa local, junto con la orden de los Trinitarios. «En compensación, el Ayuntamiento de Antequera se hará cargo del arreglo de la iglesia San Agustín», en palabras del alcalde, Manuel Barón.

El 21 de septiembre de 2009, el Ayuntamiento de Antequera y el Obispado de Málaga firmaron un protocolo general de colaboración con la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía para la restauración de este templo. Durante los primeros meses de 2011 tanto el Ayuntamiento como el Obispado acometieron el cumplimiento de los trabajos tanto de la fachada frontal como del techo del convento, quedando pendientes los trabajos de la fachada lateral asumidos por la Junta de Andalucía.