Origen

El origen de esta iglesia se halla en las devociones del segundo Conde de Buenavista, Antonio Tomás Guerrero Coronado y Zapata, quien entre 1720-1730, edificó una pequeña capilla de planta octogonal, atribuida al arquitecto Felipe de Unzurrúnzaga, lo que en la actualidad es el presbiterio. A principios de julio de 1739, el Conde de Buenavista cede a los Padres Filipenses la iglesia a petición del obispo de Málaga, Gaspar de Molina, compuesta por una capilla superior y otra subterránea o cripta, una sacristía, numerosas ornamentaciones, esculturas, pinturas, una vivienda situada junto a la iglesia, y varias casas situadas en calles aledañas para el sostenimiento de la Congregación. También cedió el uso de la capilla subterránea a la Escuela de Cristo, aunque esta fuera propiedad de los Filipenses.

Ampliaciones

A partir de 1756, con la llegada del padre Cristóbal de Rojas y Sandoval a la Congregación de San Felipe, y del importante papel que jugaron los obispos de Málaga, Juan de Eulate y Santa Cruz y Manuel Ferrer y Figueredo se llevaron a cabo distintas fases de construcción en donde se estableció la Casa de Estudios y la ampliación del templo, anexionándose a la capilla octogonal primitiva, una nave elíptica con atrio, proyectada en 1755 por Antonio Ramos Medina. La iglesia, en su fase final en 1778, sería dirigida por José Martín de Aldehuela, que en 1790, empezaría a construir el tabernáculo realizado con un diseño neoclásico en mármoles polícromos y madera que los imita. En 1795, estuvieron terminados el tabernáculo y el altar mayor, celebrándose una solemne procesión para colocar el Santísimo. También en 1795, se hizo la sacristía, atribuida a Martín de Aldehuela.

Desamortización

Con el asentamiento liberal de 1833, se produce la desamortización eclesiástica, mediante Real Decreto del 8 de marzo de 1836, que disponía de la supresión de todas las casas de religión, incluidas la de los Filipenses malagueños. El 1 de agosto de 1841, la iglesia se erigió en parroquia, quedando como filial de los Mártires.

Los incidentes de 1931 y 1936. En tiempos de la Segunda República Española, el 12 de mayo de 1931, la iglesia fue saqueada por un grupo de descontrolados que intentó prender fuego a la sacristía sin conseguirlo. 

Años más tarde, también sería saqueado el templo con motivo de la Guerra Civil, en 1936, perdiendo de esta manera el patrimonio cultural que atesoraba la parroquia. Solo pudieron salvarse la Virgen de Servitas y el Cristo de los Afligidos.

Obras de Rehabilitación

En el año 2000, se interviene en la cubierta y la fachada del edificio recuperando sus pinturas murales del siglo XVIII. En el año 2011 se terminan las obras de la rehabilitación interior, tras un año y tres meses de trabajo. El templo fue inaugurado con una Eucaristía presidida por el obispo de Málaga,
Jesús Catalá. La restauración ha reformado el templo en sus tres espacios fundamentales: el presbiterio y la capilla subterránea, la nave principal y la sacristía.

De entre las actuaciones llevadas a cabo se encuentran la recuperación de dos arcángeles, un crucificado y la escultura de la fe que remataba el tabernáculo, destruida en 1931. A ello se suma la realización de media docena de pinturas del artista Raúl Berzosa en las seis capillas que circundan el presbiterio en las que se representan distintos momentos de la vida de San Felipe Neri así como la resurrección de Cristo. 

De forma paralela a la rehabilitación del templo se han llevado a cabo trabajos de restauración como un crucificado del siglo XVI ubicado en la capilla subterránea, un crucificado del siglo XVIII que preside la sacristía y un “San Juanito” del siglo XVIII que se encuentra en el baptisterio. También se ha recuperado una imagen del Cristo de los Afligidos en terracota, objeto de mucha devoción entre los fieles.