Este Instituto Superior de Ciencias Religiosas tiene hondas raíces en la historia de la Diócesis de Málaga: nace de la transformación del Centro Diocesano de Teología, puesto en marcha por D. Ramón Buxarráis Ventura en 1974, y que durante 24 años estuvo sirviendo a la Diócesis. Málaga estrenaba Universidad y el entonces Obispo quería que la Diócesis aportara también un Centro de reflexión teológica para adultos, tan necesario y fundamental.

Durante 12 años tuvo un plan de estudios de 6 cursos. Por sus aulas pasaron los seminaristas de aquel tiempo -de los que se ordenaron 23 sacerdotes- junto con un nutrido grupo de religiosos, religiosas y seglares.

Posteriormente, en el curso 1986-87, el Seminario retomó los estudios en su propio edificio y el Centro Diocesano puso en marcha un plan de tres cursos -El Trienio Básico de Teología-, abarcando lo esencial de la formación teológica y centrándose más específicamente en la formación de laicos y religiosos.

A lo largo de sus 24 años estudiaron en sus aulas 1016 alumnos. También, durante 16 años, junto con la CONFER, se responsabilizó el Centro Diocesano de la Formación Permanente de Religiosas en nuestra ciudad. Además, dio respuesta a unas 200 personas más cada curso, impartiendo las asignaturas complementarias exigidas para la obtención de la D.E.I., que capacitaba para ser profesor de religión en la entonces Educación General Básica.

El curso 1994-95, D. Antonio Dorado Soto, Obispo de la Diócesis, propone e impulsa un proyecto para la creación de un Instituto Superior de Ciencias Religiosas. En febrero de 1996 se pide a la Facultad de Teología de Granada que patrocine dicho Instituto. El 18 de abril de 1996, se obtiene de la Conferencia Episcopal Española la aprobación para la creación del mismo. El 21 de mayo de ese año se firmó el convenio entre el Obispado de Málaga y la Facultad de Teología de Granada, “Facultad Patrocinadora”. La Sagrada Congregación para la Educación Católica concedió el 6 de agosto de 1996 el decreto de erección del Instituto y aprobó sus Estatutos y su Plan de Estudios. En el curso 1996-97, la Diócesis aporta un nuevo enriquecimiento al laicado de Málaga y a toda la sociedad malagueña: sobre las raíces del Centro Diocesano, el Sr. Obispo inaugura el Instituto Superior de Ciencias Religiosas «San Pablo».

Tras la solemne apertura del curso, celebrada el 30 de septiembre de 1996, el Instituto abrió sus puertas el día 1 de octubre de aquel año.

La Congregación para la Educación Católica renovó la afiliación a la Facultad de Teología y la modificación de los Estatutos el 22 de febrero de 2002. Posteriormente, ha aprobado la “refundación del Instituto”, sus Estatutos y su Plan de estudios el 17 de enero de 2011. La última renovación de la afiliación a la Facultad se ha llevado a cabo en el curso 2015-2016.

En sus veinte cursos de funcionamiento se han matriculado más de 1.000 alumnos, de los que aproximadamente una cuarta parte han sido oyentes. Han obtenido el Bachillerato en Ciencias Religiosas 128 alumnos y 50 la Licenciatura. Su claustro está actualmente compuesto por 10 profesores estables, 12 encargados, 11 invitados y 2 eméritos con docencia.