Cañedo no fue un liberal declarado. Fue un eclesiástico, defensor de las ideas conservadoras, pero sin radicalismos. De hecho, acepta los principios liberales que se concretarán con la jura de la Constitución, aunque se reserve la facultad de exponer lo que crea oportuno en uso de la libertad del pensamiento.

Cañedo Vigil fue elegido tercer presidente de las Cortes por votación, con 72 votos, el día de Nochebuena de 1810 hasta el 23 de enero de 1811. EI reglamento de régimen interior de 1810 establecía que el cargo se renovase el 24 de cada mes. Desempeñó el cargo con imparcialidad, según las competencias atribuidas: abrir y cerrar la sesiones; mantener el orden; llamar a la cuestión al diputado que se extravíe; conceder y quitar la palabra; convocar sesiones extraordinarias; expulsar al diputado que llamado al orden no obedeciese; fijar el orden del día. No tenía voto de calidad. Firmaría los decretos aprobados por las Cortes. Las mismas competencias, que excepto, la duración del cargo, o la firma de decretos, rigen en la actualidad. Cargo de honor y de
reconocimiento de la valía personal.

Por estas fechas, Cañedo ya estaba integrado en el la actividad parlamentaria. Fue miembro de dos comisiones parlamentarias de suma importancia: la encargada de redactar la Constitución coincidiendo -con Argüelles- y la de supresión de prebendas eclesiásticas.

De sus intervenciones, más de 44, aludimos a las más relevantes: sobre la Iglesia, defendió sus privilegios, admitiendo, sin embargo, que no se proveyesen, temporalmente, beneficios eclesiásticos, y su importe pasase, a la hacienda pública. Alonso Cañedo Vigil votó en contra de la supresión del Tribunal de la Inquisición.

En las reformas políticas, como miembro de la comisión, aceptó la totalidad del proyecto, aunque pusiese determinadas reservas, que no afectaron al resultado final. Sienta un principio constitucional: «Las leyes constitucionales deben ceñirse sólo a los principios» y lo demás debe dejarse a los reglamentos. No fue partidario de la Cámara única, defendiendo el sistema tradicional por estamentos (nobleza, clero, pueblo) conforme a las leyes fundamentales. Apoyó y urgió el cumplimiento del decreto de supresión de los señoríos jurisdiccionales. Intervino en varias ocasiones al discutir el importantísimo reglamento del Consejo de Regencia o del poder ejecutivo. Defendió la dispensa de nobleza de sangre para ingresar en el Ejército. Pidió severidad para los delitos de traición. Defendió que el heredero de la Corona ostentase el titulo de Príncipe de Asturias, ante la pretensión de nominarle Príncipe de las Españas, con una detallada disertación histórica.

Como presidente firmó varios decretos aprobados por las Cortes: el de la nulidad de la renuncia a la Corona hecha por Fernando VII; el que contiene el reglamento del Consejo de Regencia o del poder ejecutivo. El de prohibición de abusos y vejaciones a los indios. El de prohibición de violación de la correspondencia.

La Junta General del Principado lo nombró, en 1810, diputado en las Cortes de Cádiz, teniendo en ellas un destacado papel como defensor de los intereses eclesiásticos, defendiendo posturas reaccionarias y el bicameralismo ( es decir, la separación de las Cortes en dos cámaras, una integrada por los sectores "privilegiados" y otra por el "popular"). Intervino en veintidós debates, entre ellos los relativos a prebendas, plan de Hacienda, Constitución e Inquisición. Se alineó con los absolutistas o "serviles". En 1815 le fue otorgada por Fernando VII la diócesis de Málaga. Escribió:
• “Discurso en contra de la Cámara única”
• “Discurso en favor de la Inquisición”

Fue desterrado durante el “Trienio Liberal” (1821) y repuesto en 1823 en la sede malagueña hasta 1825