En ellos introdujo el “placet” a los documentos pontificios; se obligaba a los Seminarios y Universidades a enseñar y defender los artículos galicanos; se impedía al clero la libre comunicación con Roma. El papa Pío VII protestó, pero no consiguió nada. 

En mayo de 1802, Napoleón fue nombrado Cónsul vitalicio, convirtiéndose así en un verdadero monarca. El último paso en esta escalada política sería el ser consagrado por el Papa como emperador, siguiendo la tradición iniciada por Carlomagno. Pío VII se trasladó a París y, en la Catedral de Notre Dame, el 2 de diciembre de 1804, ungió al nuevo emperador. Pero no fue Pío VII quien lo coronó; se coronó a sí mismo. El pontífice, durante su estancia en París, intentó conseguir de Bonaparte la anulación de los Artículos Orgánicos, pero no lo consiguió; Napoleón solo aceptó la admisión en Francia de determinadas órdenes religiosas como los Padres Paúles, los Hermanos de las Escuelas Cristianas y las Hijas de la Caridad.

A partir de 1805, se complicaron las relaciones entre el Papa y el emperador. En 1806 se publica el
“Catecismo Imperial”, corregido personalmente por Napoleón e impuesto por él. Roma protesta. En este mismo año, Napoleón decreta el “Bloqueo Continental”, con el fin de asfixiar económicamente el comercio y la industria británica; los puertos de Europa se cerrarán al comercio con Inglaterra. Ni
Portugal ni los Estados Pontificios aceptaron tal política. La respuesta del emperador fue la ocupación de
Portugal y el abierto enfrentamiento con el Papa. El 2 de febrero de 1808, las tropas francesas conquistan Roma y la declaran “Ciudad Imperial Libre”. El Papa excomulga al Emperador.

Pío VII es detenido y conducido a Savona, donde permanecerá encarcelado durante tres años. El proyecto del emperador era el de trasladar la capital de la Cristiandad a París. Ordenó el traslado de los archivos vaticanos a París y obligó a 28 cardenales a residir en Francia.