La situación de la Iglesia en Francia, a la llegada de Napoleón al poder, era caótica. El clero francés estaba dividido, perseguido y en una pobreza extrema. Los intelectuales profesaban en parte el ateísmo y algunos el teofilantropismo; para todos el catolicismo era el gran enemigo. Quienes habían adquirido los antiguos bienes de la Iglesia, no querían el triunfo de esta, ya que podrían peligrar sus propiedades. 

Los funcionarios consideraban a los clérigos como enemigos de la república. Los militares despreciaban al clero que dudaba de la licitud de sus brillantes victorias. Y los obreros, radicalizados con las ideas de Babeuf, detestaban la religión. Desde un principio, Napoleón comprendió que era fundamental para la pacificación de Francia la restauración del catolicismo. Era necesario acordar un
concordato con el Papa. Napoleón, bautizado como católico, no era creyente ni practicante, pero estaba dispuesto a redactar un acuerdo con el recién elegido Pío VII. Este fue el Concordato de 1801. Consta de 17 artículos. Los más importantes son: el catolicismo es la religión de la mayoría de los franceses y debe gozar de total libertad; los actuales obispos, sean constitucionales o romanos, tendrán que renunciar a sus sedes con el fin de nombrar un episcopado totalmente nuevo; el gobierno francés propondrá el nombramiento de los nuevos obispos y la Santa Sede los aprobará; la Iglesia renunciará a los bienes eclesiásticos secularizados, comprometiéndose el Estado a subvencionar el culto y el clero. El
resultado de este concordato fue en parte negativo, pues de la aplicación del mismo surgió un pequeño cisma, la “Petite Eglise”: algunos obispos que habían sido siempre fieles a Roma se negaron a dimitir. En 1965, la Pequeña Iglesia se unió a la Iglesia Católica con ocasión del Vaticano II.