El primer Directorio (1795-97) fue de carácter moderado, se proclamó neutro en materia de religión, pero aparentando una libertad religiosa, siguió una política anticristiana. En aquel entonces, los directores confiaron el mando del ejército francés a un joven general, Napoleón. Con él comenzó la “campaña de Italia”. Al formar parte Pío VI de la coalición europea contra Francia, los franceses atacan los Estados pontificios. El Papa solicita un armisticio. El Directorio exige al Papa la retractación de la anterior condena papal a la Constitución Civil del Clero. Pío VI se niega y entonces se produjo la invasión. El Papa tuvo que aceptar el armisticio de Bolonia (1796) cediendo al estado francés Aviñón, el condado Venesino y numerosas y valiosas obras de arte. En 1797, Bonaparte invade los Estados pontificios y amenaza con conquistar Roma. El sacro Colegio envió una comisión con propuestas de paz. Esta fue la paz de Tolentino, en la que de nuevo el Papa ha de entregar una gruesa cantidad de dinero y numerosas obras maestras. Pero la paz no se consiguió. El segundo Directorio (1797-99) exigía a los clérigos un juramento de odio a la monarquía; gran parte del clero se negó. Unos 1.400 sacerdotes fueron deportados a la Guayana y otros abandonaron Francia. El general francés Duphot, novio de Paulina Bonaparte, fue asesinado en el Trastevere, en un tumulto callejero. Este hecho motivó la invasión de Roma (febrero de 1798). Al ser invadida Roma por los ejércitos napoleónicos, se proclamó la República romana. Pío VI fue hecho prisionero; paralítico y enfermo fue conducido a Siena, de allí a Florencia, a Parma, a Turín, a Grenoble y, moribundo, llega a Valence, donde muere. Mientras tanto, en Roma se secularizaron todos los bienes de iglesias y monasterios, se introdujo el culto a la razón y muchos clérigos fueron perseguidos. En 1799, un nuevo golpe de Estado puso fin al Directorio y se establece el Consulado.