El descubrimiento, la conquista y la colonización de América es obra del Estado español. El Papa encarga a los reyes el cometido misional. Alejandro VI, en la bula “Inter coetera”, hace donación a los Reyes Católicos de las tierras que fueron descubiertas, a condición de predicar entre sus moradores el Evangelio y de convertirlos a la fe cristiana. En 1508, Julio II concede a la corona española el patronazgo sobre la Iglesia Americana. León X, en 1518, faculta a los monarcas españoles la concesión de establecer diócesis en América. En adelante, el Consejo de Indias será el encargado de fundar diócesis, nombrar obispos, crear sedes metropolitanas y erigir parroquias. En general, los candidatos propuestos al episcopado eran personas que se distinguían por su preparación, por su celo pastoral, por el buen trato con los indios y por su actividad misionera.

El “Patronato” fue, durante toda la colonización, el auténtico Papa de América. Procedía presentando al rey una lista de candidatos para obispos; el rey elegía según su criterio, al más idóneo y solicitaba al Papa la designación del mismo.

La Iglesia Española supo aprovechar la ayuda estatal, utilizando todos los medios que puso el Estado a su alcance. Las ventajas materiales, económicas, organizativas y estructurales fueron muy eficaces. La Iglesia sola no pudo haber hecho lo que hizo. La construcción de templos, catedrales, conventos y parroquias, los largos y costosos viajes fueron posibles gracias a la ayuda estatal. También hubo inconvenientes, como el peligro de utilizar a la Iglesia como medio del Estado para intereses políticos o el de confundir el cristianismo con la cultura española o la civilización occidental.

El apostolado laical fue prácticamente inexistente. Algunos laicos favorecieron las conversiones (Ojeda, Cortés, González Dávila); otros, con su mal ejemplo, las impidieron. Los encomenderos tenían la obligación de enseñar a leer, rezar y adoctrinar religiosamente a los indios, pero no lo hicieron, bien por falta de capacidad o bien por rivalidad hacia los misioneros.