En 1534 rompe con el catolicismo; huye de Francia, marcha a Basilea y de allí a Ginebra. Se establece en esta ciudad, a instancias del predicador G. Farel, y en ella crea un “Organismo de vigilancia de las costumbres” e impone el llamado culto calvinista a base de predicaciones y plegarias. Un choque con el Consejo de la ciudad motiva su expulsión marchando a Estrasburgo. Tres años después regresa a Ginebra, donde residirá hasta su muerte. En esta ciudad, establece la llamada “Dictadura teocrática calvinista”, empleando un rigor inusitado contra la corrupción de costumbres. Fueron perseguidos y condenados a muerte muchos católicos y protestantes, entre ellos M. Servet.

La figura de Calvino resulta poco atractiva: de carácter huraño y solitario, unilateral e inhumanamente severo, rigorista hasta la crueldad. Pero fue un hombre sobrio y pobre, gran organizador, escritor fecundo, pensador inteligente, lógico y sistemático.

Su doctrina puede resumirse así: la Biblia es la única fuente de fe. La fe nos justifica; pero las buenas obras y los buenos resultados en los negocios dan gloria a Dios y son señales de predestinación. Dios, desde la eternidad elige a unos para el cielo y a otros para el infierno. Los sacramentos quedan reducidos a dos: el bautismo y la Cena; no dan la gracia, son símbolos y recuerdos. La Iglesia está estructurada jerárquicamente: en ella hay “pastores” para predicar y administrar los sacramentos, “doctores” para la enseñanza en las escuelas, “presbíteros” para vigilar las costumbres y “diáconos” para el ejercicio de la caridad. El culto es muy sencillo: salmos, oraciones, predicaciones y cuatro Cenas al año. Las relaciones Iglesia y Estado deben ser estrechas y profundas. 

El calvinismo se extendió rápidamente y dio origen a diversas corrientes religiosas como el puritanismo, el presbiterianismo, los hugonotes… Se propagó por Italia, Escocia, Hungría, Bohemia, Francia. También penetró en España, cuyos dos focos más importantes fueron Valladolid y Sevilla. Su extraordinaria difusión prueba su excelente organización.