Según explica el padre Ángel García Rodríguez, trinitario, en la sección “Málaga y sus comunidades”, «no se sabe con exactitud el año en que se fundó este convento carmelita de la Encarnación de Antequera, pero se puede asegurar que fue a principios del siglo XVI y que fue el primero de monjas que se fundó en esta ciudad». Por real cédula de los Reyes Católicos, dada en Segovia el 2 de noviembre de 1513, se concedió a María Ruiz la Rubiana, varias fanegas de tierra para la fábrica del monasterio que solicitaba fundar en el Cerro de la Cruz. Habiendo puesto en ejecución la obra en el año siguiente se la cuestionaron, por lo que, acompañada de su hija, Lucía Álvarez, fue a la corte del papa León X del que consiguió, por mediación de Magdalena de Médicis, hermana del Papa, bula para fundar convento y edificar iglesia, guardando la regla dominica de santa Catalina de Siena. De vuelta a Antequera, presentó esta bula, dada en Roma el 7 de junio de 1517, y prosiguió las obras en el Cerro de la Cruz. Allí vivieron madre e hija como beatas, hasta que en el año 1520 llegaron dos monjas carmelitas observantes a fundar en esta ciudad: Sor María de los Ángeles y Sor Isabel de Jesús, venidas del convento de los Remedios de Écija. Estas dos hermanas se juntaron con madre e hija, a las que dieron el hábito carmelitano. Dado que el lugar, alto, sin agua y sometido a las grandes inclemencias del tiempo, no era adecuado para la salud de las hermanas, se vieron obligadas en 1536 a trasladarse a la ciudad, y así se establecieron en el sitio que hoy tienen, dándole al convento el título de la Santísima Encarnación. Desde el año 1520, habían cambiado el hábito dominicano por el carmelita».

En la actualidad son seis religiosas las que componen esta comunidad. En cuanto al edificio conventual, merece la pena destacar la fachada de calle Tintes, un ejemplo de estilo manierista mientras que el interior repite el modelo de iglesia morisca granadina de una sola nave de cajón y capilla mayor en alto sobre gradas, cubriéndose ambos espacios con artesonados mudéjares.