La parroquia de Santa María de la Victoria y La Merced tiene su origen en 1487, cuando el Rey Fernando El Católico instaló en este lugar su campamento para la conquista de la ciudad. En aquella época la imagen de Santa María de la Victoria ya se encontraba junto al monarca, pero su autoría es una incógnita. Cuenta la tradición que el emperador Maximiliano de Austria fue quien regaló el icono a los Reyes Católicos.

Durante el cerco a la ciudad de Málaga unos frailes de la Orden Mínima entregaron una carta de su fundador, san Francisco de Paula; solicitando permiso para abrir conventos de la orden en España. La conquista de Málaga fue atribuida a la intervención de la Virgen. En 1493 la Orden Mínima fundó su casa matriz y el sobrenombre de ‘Victorios’ o ‘frailes de la Victoria’ les acompaña por la geografía nacional desde ese momento por petición de los Reyes Católicos. En el siglo XXI la Provincia Mínima de España sigue recibiendo el nombre de Santa María de la Victoria, y se encuentra bajo el patronazgo de la imagen que recibe culto en la basílica malacitana.

El templo actual es la segunda edificación construida en el mismo emplazamiento; fue inaugurado en el mes de junio del año 1700 y ejerció de benefactor el Conde de Buenavista. La autoría arquitectónica corresponde a Felipe de Unzurrúnzaga, donde destaca el camarín, pieza clave del barroco andaluz.
El 25 de abril del año 2007, el Vaticano concedió a este templo el título de Basílica para el Real Santuario. Cuenta además con un museo en el que se pueden visitar la cripta de los Condes de Buenavista, el camarín de la Patrona y la sala de enseres históricos de la Virgen.

Como todos los años la patrona ha sido trasladada en rosario de la aurora al primer templo de la diócesis, en esta ocasión, el domingo 23 de agosto. En la Catedral tiene lugar la novena, que dará comienzo este 30 de agosto.