En 1505, ingresó en la orden agustiniana, como cumplimiento de un voto probablemente inválido. Ordenado sacerdote, estudia Filosofía, Teología y Sagrada Escritura. Su vida religiosa fue al principio feliz, pero siempre con escrúpulos crecientes y con continuos temores ante el juicio de Dios. Entre 1513 y 1517 sufre una gran transformación interior: desde un fervor sereno pasa a una profunda inquietud, cargada de temores y miedos que lo llevan a plantearse su gran problema personal, el de su propia salvación. En los escritos de estos años aparecen sus tres grandes postulados: la naturaleza humana está esencialmente corrompida por el pecado original, la fe es lo único que nos salva (“sola fides”) y la única fuente de fe es la Escritura (“sola Scriptura”).

Con ocasión de la predicación de la indulgencia (1517), Lutero protesta y publica sus célebres 95 tesis, en las que ataca duramente la doctrina de las indulgencias y al mismo Papa. En los años que median entre 1517 y 1521, Lutero, a través de diversos escritos, niega el sacerdocio de los clérigos, rechaza cinco de los siete sacramentos, defiende la justificación por la “sola fides” afirmando la innecesariedad de las buenas obras. El papa León X, mediante una bula, exige a Lutero la retractación de sus escritos. Lutero quema la bula. En enero de 1521, Lutero fue excomulgado.

Los luteranos siguen la doctrina de Lutero: la Biblia es la única fuente de fe y la fe es lo único que nos justifica; la Biblia puede ser interpretada libremente (libre examen); el hombre está esencialmente corrompido por el pecado original, por lo que todas sus obras son malas; los sacramentos se reducen a dos: el bautismo y la Santa Cena. En el orden práctico, defiende el principio del sacerdocio universal, sostiene la abolición del celibato y de los votos monásticos, rechaza el culto a las imágenes y niega el libre albedrío.

Lutero no pretendió fundar una nueva Iglesia, sino sólo restablecer la primitiva Iglesia, pero lo hizo por medios y actitudes contrarios a la verdad y al dogma católico.