La estructuración eclesial en la América hispana era idéntica a la europea: sedes metropolitanas,
diócesis y parroquias con todos los derechos y deberes designados en Trento. Se celebraban concilios cada tres años, posteriormente cada siete; en ellos se determinó la publicación de catecismos acomodados a la capacidad de los indios.

Hoy, los historiadores alaban, y con razón, la creación de las llamadas “Reducciones”. Desde el siglo
XVI existían los “asentamientos misioneros” o poblados indígenas, aislados del contacto con los
españoles y bajo la dirección de los misioneros. A partir del XVII aparecen las “Reducciones” en la
región del Paraná. La más célebre fue la de Guairá (Paraguay), donde había trece reducciones con unos cien mil indios. Los “paulistas” atacaron estas reducciones para esclavizar a los indios, llevándose a más de sesenta mil con el fin de venderlos como esclavos a buen precio, al estar bien instruidos. En 1641, los paulistas volvieron al ataque pero fueron literalmente destrozados en Mbororé, gracias a la labor del jesuita español Domingo de Torres, veterano de las guerras de Flandes que armó y entrenó a los indios.

Las reducciones eran administrativamente autónomas. En ellas no podían entrar los españoles. Dependían de la Corona. Un cabildo gobernaba la Reducción; los caciques conservaban su dignidad. Pero el verdadero gobierno estaba en manos de jesuitas. El suelo era comunal. El indio trabajaba dos o tres veces en semana. Con el producto obtenido se satisfacía la alimentación de toda la
población, se pagaba el tributo real y lo sobrante se destinaba al comercio. Se crearon industrias textiles, talleres de artesanía, alfarerías e incluso llegaron a fabricarse instrumentos musicales. 

El plano de una Reducción incluía: una plaza mayor, un templo, un colegio, un asilo, un hospital y un cementerio; en el resto del plano se situaban las viviendas. Las Reducciones desaparecieron con la expulsión de los jesuitas de España a finales del siglo XVIII. Hoy se consideran como una excelente muestra de la labor misionera española, en una época en la que, la herejía se adueñaba de Europa.