Según el organigrama de la diócesis, los órganos consultivos del Obispo se sitúan en el primer lugar de la estructura diocesana. Son, concretamente, el Colegio de Consultores, el Consejo Episcopal, el Consejo Presbiteral, el Consejo de Asuntos Económicos (CAE) y el Consejo Pastoral Diocesano (CPD).
 
Para García Villalobos, el Colegio de Consultores aparece en primer lugar puesto que su papel es trascendental: «es el órgano que se encargaría del gobierno de la Diócesis de forma interina en caso de que quedara la sede vacante, interviene en la elección del administrador diocesano y su consentimiento es necesario para realizar las inversiones económicas de mayor cuantía (más de 150.000 euros)».
 
Este consejo se reúne tres veces al año, a primeros, mediados y finales de curso, al igual que el Consejo Presbiteral. Los miembros de este último consejo son elegidos por los propios sacerdotes desde los distintos arciprestazgos por lo que es conocido como "el senado" del Obispo. El secretario general recuerda que «este consejo ayuda al Obispo a la toma de decisiones de calado en el ámbito pastoral y de entre sus miembros es de donde el prelado elige a los que compondrán el Colegio de Consultores. Es decir, que los componentes de este último consejo tienen una doble idoneidad, pues han sido nombrados desde abajo, por sus compañeros presbíteros; y desde arriba, por el Obispo».
 
Pero en el día a día del gobierno de la Diócesis, el Obispo cuenta, sobre todo, con el Consejo Episcopal, que se reúne habitualmente cada semana y que está compuesto por los (actualmente) cuatro vicarios: vicario general y moderador de Curia, vicario para la Acción Caritativa y Social, vicario para el Laicado y vicario para la Evangelización. «A través de este consejo –afirma–, el Obispo recibe las impresiones que le llegan desde todos los puntos de la Diócesis y que son recogidas por los vicarios para así poder tomar decisiones fundadas, con la ayuda del Espíritu Santo. Los vicarios son quienes conocen mejor las distintas realidades que dependen de cada uno de sus ámbitos de gobierno de forma que le pueden ofrecer no solo fríos datos, sino una visión global y contextualizada».
 
El Consejo de Asuntos Económicos es un órgano especializado que se ocupa, como su propio nombre indica, de los temas relativos a la administración. «Está compuesta –señala García Villalobos– por técnicos, especialistas en derecho y economía, cuya permanente se reúne mensualmente, y que cumplen un servicio de asesoramiento y control de las distintas inversiones que realiza la Diócesis. El pleno se ocupa, además, de aprobar el balance y los presupuestos anuales».
 
El Consejo Pastoral Diocesano es el más numeroso. Lo componen 50 miembros, entre los que destaca la participación de religiosos de las distintas organizaciones que los agrupan y laicos que son elegidos por los diferentes arciprestazgos. Para el secretario general, «es una gran via de aterrizaje de la realidad de la diócesis pues los representantes laicos están muy pegados a lo que viven y experimenta la mayor parte del Pueblo de Dios, que son los seglares. Proporcionan al Obispo una visión muy global y realista de lo que ocurre en los distintos arciprestazgos y evitan que tome decisiones sin estar suficientemente informado».
 
Por último, existe un órgano que, aunque no aparece en el organigrama, sí que cumple una función muy importante de ayuda y asesoramiento al Obispo que es la reunión mensual de arciprestes, «donde el Obispo –señala el secretario– toma el pulso de la diócesis de una manera muy fidedigna. En esta reunión se iluminan unos a otros y sirve de correa de transmisión de la información».
 
Al final de curso, los distintos consejos hacen balance de todo lo vivido en nuestras comunidades en este curso difícil en medio de la pandemia y programan en lo posible el trabajo del curso próximo para seguir cumpliendo con su labor, «no solo de asesoramiento –en palabras de García Villalobos– sino de ayuda, guía y orientación al pastor de la Diócesis, complementando su carisma episcopal que confiere la función de santificar, enseñar y gobernar».