Manuel Carnero nació el 23 de enero de 1930 y fue ordenado sacerdote el 21 de septiembre de 1957, a la edad de 27 años. 

Comenzó su labor pastoral como vicario parroquial de Estepona y las parroquias de San Ignacio y San Patricio en Málaga.

Desde 1965 hasta 1973 fue director espiritual de las Escuelas del Ave María en Málaga. Posteriormente, fue nombrado ecónomo de la parroquia de la Encarnación y vicario parroquial de San Ignacio en Málaga. De 1984 a 1987 ejerció su ministerio como párroco de Benajarafe y Chilches, y desde 1987 a 1992 estuvo de párroco en Riogordo. 

En los últimos años de su actividad sacerdotal, fue capellán del Monasterio del Sagrado Corazón de Jesús y capellán de la Residencia de San Carlos, de las Carmelitas Descalzas de Montemar. Las religiosas lo definen como un sacerdote «muy cumplidor, muy buen predicador y, a pesar de la poca salud que tenía, nunca faltó a la Misa de primera hora de la mañana. En la residencia ha estado hasta el final atendiendo la capellanía. Era muy buen sacerdote».