Si el fin era el de combatir la herejía, no se consiguió, pues cuando se combaten las ideas, sean verdaderas o falsas, éstas perviven ocultamente. A veces la Inquisición cometió graves errores, como en el caso de Juana de Arco o en la condenación de los Templarios.

Pero, para juzgarla rectamente, hay que comprenderla históricamente. La sensibilidad de aquellos pueblos, no es la nuestra. El supremo valor era la vida espiritual. El pecado era peor que la muerte. La herejía era una traición a la fe, un gravísimo delito contra Dios y contra la sociedad.

No se puede culpar del todo a la Iglesia, pues la Inquisición surgió a partir del abuso de las autoridades civiles que, siguiendo la legislación tradicional, condenaron por motivaciones políticas a muchos supuestos herejes, que en realidad no lo eran. Por esta razón, el papa Gregorio IX tuvo que intervenir afirmando que sólo la autoridad eclesiástica está capacitada para distinguir al verdadero hereje del que no lo es.

Debe recordarse que la Inquisición en aquel entonces se juzgó necesaria, como hoy pueda serlo el servicio de la policía. Prueba de ello es que esta institución se mantuvo en siglos posteriores. Los mismos reformadores protestantes como Calvino, Isabel I de Inglaterra y Jacobo I la aprobaron y la
aplicaron.

Salvo alguna contada excepción, el tribunal de la Inquisición actuó de buena fe y fue el más equitativo tribunal de la época, e incluso hizo progresar la legislación penal. Pero, a pesar de algunos aspectos favorables, la Inquisición no entra dentro de los esquemas evangélicos.