A partir del Concilio de Constanza, aparece en la Iglesia un deseo manifiesto de organizar concilios con el fin de conseguir una reforma eclesiástica, indispensable sobre todo si tenemos presente los tristes efectos del “Cautiverio de Aviñón” y del Cisma de Occidente. Fue una auténtica “fiebre de concilios”. En el de Constanza se había dispuesto que, a los cinco años, o sea en 1423, debía celebrarse otro concilio universal, según el decreto “Frequens”. Muchos pensaban que los concilios eran la panacea para sanar los males de la Iglesia, sobre todo considerando la eficacia del de Constanza. 

Con este fin, se convocó un concilio en Pavía (1423) al que asistieron muy pocos prelados. Una epidemia en la ciudad los obligó a marchar a Siena. En esta ciudad se dictaron normas sobre la elección de cardenales, teniendo cada nación derecho a presentarlos y eligiendo el Papa los que creyera convenientes. Se prohibió al Pontífice imponer nuevos censos y cambiar los decretos de los concilios generales. Los legados pontificios, alarmados ante tales pretensiones, actuaron de tal manera que consiguieron una división entre los padres conciliares, franceses e italianos, lo que motivó la disolución de la asamblea (1424) y la designación de la ciudad imperial de Basilea, como sede de un nuevo concilio. 

El papa Martín V, para conseguir la reforma, eligió una serie de cardenales, todos ellos dotados de grandes cualidades humanas y religiosas. Poco antes de morir convocó el concilio de Basilea, nombrando como legado al cardenal Cesarini. Su sucesor, Eugenio IV, confirmó esta decisión. 

Los objetivos propuestos en Basilea fueron: la eliminación de la herejía hussita, la reforma de la Iglesia, la paz entre cristianos y la unión de las Iglesias latina y griega. 

La presencia de padres conciliares fue muy escasa y el mal trato que los basileenses dispensaron a los participantes y lo inadecuado del lugar para recibir a los griegos motivaron que Eugenio IV se declarase partidario de trasladar el concilio a una ciudad italiana más asequible a la llegada de los griegos y ésta fue Ferrara (1437). 

Los prelados y eclesiásticos asistentes de Basilea se declararon en rebeldía, desobedecieron la decisión papal de marchar a Ferrara y continuaron su labor. Los partidarios del Papa abandonaron Basilea. Tal fue el atrevimiento de los padres basileenses que llegaron a declarar como dogma de fe la superioridad del concilio sobre el Papa. Más aún, depusieron a Eugenio IV (1439) y eligieron a un antipapa, el último de la historia, con el nombre de Félix V. 

El Concilio, ya cismático, de Basilea continuó celebrándose e incluso aportó una serie de documentos de gran utilidad para la reforma eclesiástica. En la sesión XX se condenó una vez más el concubinato de los clérigos; en la XXI se suprimieron los impuestos de la curia pontificia sobre colación de cargos. Años después, el emperador Federico III ordenó expulsar de Basilea a los padres conciliares (1448) que se refugiaron en Lausana y terminaron por disolverse (1449). En 1438 se prosiguió el Concilio de Ferrara, como una continuación del de Basilea. Ferrara era una ciudad de más fácil acceso tanto para los orientales como para el Papa. 

A Ferrara acudieron cerca de 700 clérigos, entre ellos, el emperador Juan VIII el Paleólogo, el patriarca de Constantinopla José II (ferviente unionista), el arzobispo de Nicea Bessarión (unionista y alma del Concilio), el metropolitano Marcos de Éfeso (antiunionista) y otras destacadas personalidades. 

El legado pontificio cardenal Albergati, en nombre del Papa, abrió el Concilio en la Catedral de Ferrara. 

Asistieron 24 arzobispos, unos 70 obispos y numerosos teólogos tanto griegos como latinos. Fueron cuatro los principales problemas a tratar: la doctrina sobre el purgatorio, la procesión del Espíritu Santo, el pan eucarístico y el primado del Romano Pontífice. A instancias del emperador bizantino, se discutió en primer lugar la cuestión de las penas del purgatorio; las diferencias eran mínimas, pues los latinos admitían la pena de fuego y los griegos otras sin precisar, reservando la de fuego para el infierno. 

Cuando empezó la discusión sobre el tema del “Filioque”, una epidemia en Ferrara y dificultades financieras de la curia pontificia motivaron el desplazamiento del Concilio a la ciudad de Florencia, cuyas autoridades civiles se ofrecieron a resolver el problema económico originado por la estancia de griegos y latinos.