Comienza un período crítico para el papado desde la desgraciada muerte de Bonifacio VIII en Anagni (1303). El rey de Francia, Felipe el Hermoso, y Bonifacio VIII desde sus respectivos poderes, se enfrentan continuamente, bien por motivos fiscales o jurídicos. El papa Bonifacio niega al rey francés el derecho a imponer impuestos sobre los bienes de la Iglesia; el mismo Pontífice sostiene que el rey carece de autoridad para juzgar a obispos y clérigos ante el tribunal real. El papa amenaza al rey con deponerlo si no obedece a estas normas.

En la bula "Unam Sanctam" (1302) el Papa sostiene que la autoridad temporal ha de estar sometida a la espiritual, cuando el poder espiritual sólo puede ser juzgado por Dios. Felipe el Hermoso reacciona violentamente. Influido por una serie de consejeros sin escrúpulos, entre ellos Nogaret, apeló a un Concilio. En el Parlamento de París se acusó al Papa de hereje, simoníaco, de vida depravada, exigiendo por todo ello la deposición del Pontífice. El 7 de septiembre de 1303 se presentaron en Anagni, donde residía el Papa, Nogaret, Sciara Colonga y 600 hombres armados. En la residencia papal insultaron al Pontífice y le exigieron su dimisión, amenazándolo de muerte.

Los ciudadanos de Anagni se alzaron contra los intrusos y liberaron al Papa. Como resultado de esta agresión, Bonifacio VIII enfermó y murió en Roma al mes del sacrílego atentado. Tras el breve pontificado de un Papa conciliador, Benedicto XI, es elegido Papa el arzobispo de Burdeos, que adoptó el nombre de Clemente V (1305-1314). Fue coronado en Lyon; el rey francés allí presente consiguió el nombramiento de nueve cardenales franceses y rogó con insistencia la supresión de los Templarios. Dada la inseguridad de Roma, el nuevo Papa se quedó a vivir en una ciudad estratégicamente situada junto al Ródano: Aviñón. Así empezó el llamado "Destierro de Aviñón". Clemente V hubo de enfrentarse con dos graves asuntos: el proceso a Bonifacio y la supresión del Temple. El rey Felipe y el excomulgado Nogaret instaron repetidas veces al Papa a que condenara la memoria del papa Bonifacio.

En marzo de 1310 se celebró un proceso condenatorio en el que Nogaret exigió que fuese desenterrado el cadáver del Papa y arrojado a las llamas por hereje. El débil Clemente V, dominado por el rey francés, absolvió a Nogaret y a Sciara Colonna; anuló todas las sentencias y documentos dados por Bonifacio VIII que pudieran lesionar los intereses del monarca francés. Al rey Felipe se le elogió por su celo y amor a la Iglesia. A Bonifacio VIII se le culpó no de herejía, sino de obstinación.