En 1198 fue elegido papa InocencioIII. Había estudiado teología en París y Derecho en Bolonia. Mejor jurista que teólogo. Gran gobernante y profundamente espiritual. Para Inocencio III, el Papa es el Vicario de Cristo. Cristo, además de Sacerdote, es Rey de reyes. El Papa debe participar de ese doble poder: el espiritual y el temporal. El poder espiritual del Papa es ilimitado. El temporal es de dos clases: "directo", que es el ejercido por el Papa sobre los Estados Pontificios, y el "indirecto" que se extiende a toda la Cristiandad cuando así lo exija el bien espiritual de los ciudadanos; puede pues el Papa "retione et occasione pecati" desposeer a un príncipe. 

Este Pontífice ha sido injustamente tratado por la crítica; sin embargo nunca fue ambicioso en lo temporal. Fueron las circunstancias de la época las que le motivaron a comportarse como soberano universal llegando a ser el árbitro de Europa. Restauró los Estados Pontificios. Defendió el reino de Sicilia. Intervino en Inglaterra, nación de la que fue soberano feudal. Aragón fue vasallo de la Santa Sede siendo rey Pedro II. Designa a su antiguo pupilo Federico  II para la corona imperial. Portugal, Polonia, Bohemia, Hungría, Bulgaria y Francia mantuvieron estrechas relaciones con este Papa y algunas de estas naciones en régimen cuasifeudal. Organizó la Cuarta Cruzada, que fue un fracaso y también la llamada "Cruzada contra los algibenses". 

Pero su obra más singular y trascendental fue el Concilio IV de Letrán (1215). Asistieron 412 obispos y más de 800 abades. Sepretendió un doble objetivo: la reconquista de Tierra Santa y la reforma de la Iglesia en todos sus aspectos. El canon primero con el que comienza el Concilio es una profesión de fe según el símbolo nicenoconstantinopolitano. Con él se intenta condenar a los albigenses y a otros herejes. Curiosamente aparece por primera vez el término "transubstanciación" aplicado a la Eucaristía. El canon segundo es una reprobación a las confusas doctrinas trinitarias del abad Joaquín de Fiore y a su interpretación teológica de la Historia. El canon tercero condena la actitud de los valdenses que con apariencia de piedad, se arrogan la autoridad de predicar sin permiso de la Santa Sede o del obispo del lugar. 

El célebre y todavía actual canon 21 establece como obligatoria para todo creyente la práctica de la confesión anual y la comunión pascual. Si alguno se negare a ello permanentemente debe probársele de la cristiana sepultura. El confesor queda obligado al secreto sacramental y si lo viola será depuesto de su oficio sacerdotal. Otros muchos cánones (en total 70) se refieren a la organización de las diócesis. A los obispos se les encomienda la celebración anual de sínodos; a que designen en las catedrales predicadores y confesores competentes, maestros de gramática y teólogos bien preparados. Se dan normas para fomentar la vida espiritual de los clérigos. Se prohíbe la acumulación de beneficios de una misma persona; se proscriben las tasas arancelarias por la administración de los sacramentos y se recalca la obligatoriedad del Evangelio en lengua vernácula. Ante la proliferación de órdenes religiosas, prohíbe el Concilio la fundación de nuevas instituciones. También se regulan los impedimentos de consanguinidad y afinidad de los matrimonios prohibiendo los matrimonios clandestinos.

Los últimos cánones hacen referencia a las relaciones de los cristianos con los judíos prohibiendo los contratos usurarios; los judíos deberán vestir de forma distinta a como lo hacen los cristianos. El último canon es una exhortación a príncipes y cristianos con el fin de liberar los Santos Lugares.

La importancia de este Concilio fue considerable. El conjunto de sus decretos y cánones aprobados y promulgados pasaron en su mayor parte a la legislación del "Corpus Iuris Canonici". Al año siguiente, en julio de 1216, moría Inocencio III. Él se sirvió de su enorme influencia y la puso al servicio de la Iglesia. Su vida privada fue eminentemente sacerdotal y edificante. El historiador protestante alemán Gregorovius lo llamó el "Augusto del Pontificado".