Nuevamente la Iglesia romana se vio sacudida por un nuevo cisma que duró dieciocho años. Tal situación se explica porque en la Europa cristiana de este período histórico se enfrentan dos partidos o sectores de opinión: los partidarios del Papa o güelfos y los del emperador o gibelinos. Ambos partidos discuten sobre la primacía en la cristiandad. Esta lucha por el "dominium mundi" enfrentará a papas y emperadores. En el colegio cardenalicio hay una manifiesta división entre partidarios del Papa y partidarios del emperador. Y en el escenario político aparece un elemento discordante: el emperador Federico Barbarroja, hombre de grandes dotes caballerescas, de sentimientos cristianos, pero profundamente absolutista y cesaropapista. 

Acababa de morir el único Papa inglés de la historia, Adriano IV. La mayoría de los cardenales eligió a una persona de gran formación, pero odiado por los alemanes, Alejandro III. Un pequeño grupo de cardenales, afines al emperador, eligió a Víctor IV. Esta doble elección creó un serio problema en la Iglesia. El emperador Barbarroja convocó un sínodo en Pavía (1160) en el que se proclamó la legitimidad de Víctor IV.

Alejandro III, el Papa legítimo tuvo que huir de Roma y se refugió en Francia, no sin antes haber excomulgado a su rival y desligar a los súbditos del emperador del juramento de fidelidad. 

En 1164 muere el antipapa Víctor IV. El emperador hizo elegir un nuevo antipapa: Pascual III. De nuevo, Alejandro III tuvo que huir. A Pascual III le sucedió otro antipapa, Calixto III. La situación se complicaba. El propio emperador advirtió que aquel cisma era un obstáculo para su política.

Al ser derrotado Barbarroja por la Liga lombarda en la batalla de Legnano (1176) el emperador cambió de opinión y en Venecia aceptó como verdadero Papa a Alejandro III; le pidió perdón y el Papa allí presente junto a las puertas de San Marcos, le dio el ósculo de paz (1178). Y así fue como terminó el cisma. Alejandro III regresó a Roma y al año siguiente (1179) convocó el III Concilio de Letrán. 

Asistieron unos 400 obispos y un gran número de abades provenientes de diversos estados europeos, entre ellos de España. Además numerosos embajadores de los reyes y príncipes. No han llegado hasta nosotros las actas conciliares pero conocemos los 27 cánones suscritos por los padres asistentes. 

Los dos primeros cánones intentan evitar los posibles futuros cismas, determinando que para la elección válida de un Papa es necesaria una mayoría de dos tercios de votos. Se establece que el candidato al episcopado tenga al menos 30 años cumplidos, debiendo ser elegido por los canónigos de la Catedral. Una vez más se condena el concubinato clerical, la simonía, la usura, la piratería. Incurren en excomunión quienes faciliten armas a los musulmanes. El último canon anatematiza a los cátaros o albigenses y a quienes les ofrezcan alojamiento. Los cátaros se extendieron por gran parte de Europa, especialmente por el sur de Francia. 

Mantenían un odio feroz a la Iglesia, saqueaban e incendiaban templos, asesinaban a clérigos y defendían un dualismo de carácter gnóstico como herencia del maniqueismo. Rechazaban la encarnación de Cristo. Defendían el suicidio y la endura (morirse de hambre) y proclamaban la inmoralidad del matrimonio. La Iglesia vio en ellos un peligro para la fe. Su fanatismo fue causa de la futura Inquisición. Y lo peor era que gran parte de la nobleza los defendía, pues los albigenses manifestaban que a la Iglesia no le era lícito poseer bienes terrenos, pudiendo los nobles despojarla de ellos. No sólo este Concilio los condenó. Otros muchos papas, concilios y sínodos los reprobaron. 

El Concilio III de Letrán fue un concilio trascendental. Sus decretos y cánones disciplinares ejercieron un gran influjo en una sociedad en la que si bien no hubo grandes errores dogmáticos, sí existieron graves desviaciones morales y serias confusiones sobre la naturaleza de la Iglesia y de su jerarquía.