Para los tolerantes, la herejía es una divergencia de opiniones en problemas dogmáticos obscuros. Sostienen que, los dogmas de fe son útiles, pero no necesarios para la salvación.

Otros consideraron la tolerancia como un medio necesario para la paz. La no tolerancia causó  
matanzas de hugonotes y católicos, como ocurrió en las llamadas “guerras de religión” en Francia. La guerra de los “Treinta años” tuvo un origen religioso y, en ella, Alemania perdió más de 14 millones de personas. En las Islas Británicas fueron cruelmente perseguidos los católicos. En España, la Inquisición
condenó a protestantes y falsos conversos. De aquí, la defensa de una tolerancia impuesta por la realidad histórica y justificada por el principio del mal menor. El mismo santo Tomás admite la tolerancia para evitar males mayores.

A partir del siglo XVII, comienza a asentarse el principio de la diferencia entre Iglesia y estado. Así, los soberanos no podrán intervenir en cuestiones religiosas. Piensan que la herejía es un error intelectual y el Estado no puede perseguirla como delito. El Estado deberá intentar la unidad política por otros medios que no sean los religiosos, pues para esto es incompetente.

Si bien, puede rechazar aquellas confesiones religiosas que mantengan ritos inmorales. Otro argumento a favor de la tolerancia es el respeto que se debe a la conciencia de la persona. A finales del siglo XVI, el rey de Polonia, Esteban I Báthory, decía “soy rey de los pueblos, no de las conciencias”.

Finalmente, en el siglo XVIII, la tolerancia será defendida por la Ilustración, convirtiéndose en uno de los postulados de la moderna civilización.