Fundó varios Colegios y la Universidad de Baeza; escribió libros como Audi, filia; Tratado del amor de Dios; Tratado sobre el sacerdocio; Doctrina cristiana, y otros. Redactó unos famosos Memoriales para el concilio de Trento, y se conservan de él numerosos Sermones, Pláticas y un abundante Epistolario. De reconocida sabiduría, amigo y apoyo de grandes santos como Teresa de Jesús, Ignacio de Loyola, Francisco de Borja, Juan de Dios, Pedro de Alcántara, Juan de Ribera, fray Luis de Granada y otros, fue una de las personas más conocidas y consultadas de su tiempo. Hombre de Dios y con gran experiencia humana, lo fundamental de su actuación apostólica y de sus creaciones educativas sorprenden aún por su actualidad.

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