Pío XI falleció el 10 de febrero de 1939. Eugenio Pacelli fue elegido papa el 2 de marzo de 1939, a la tercera votación. La ceremonia de la coronación fue solemnísima. El pueblo de Roma acogió con gran alegría la elección del nuevo papa. En su alocución al Colegio Cardenalicio, Pío XII pide la paz par un mundo que está próximo a la guerra. Un día antes de su coronación nombró secretario de Estado al cardenal Maglione, al que se unirán en su cargo Monseñor Tardini y Monseñor Montini (futuro Pablo VI). Tras la muerte de Maglione, Pío XII dejó vacante la figura del secretario de Estado: «no quiero colaboradores, sino ejecutores». Tardini y Montini fueron nombrados “Prosecretarios”; el mismo Pontífice asumió el cargo de la Secretaría de Estado.

En este mismo año, la situación en Europa era preocupante. El 5 de marzo, Pío XII escribió a Hitler tratando de suavizar la tensión. Hitler tardó más de mes y medio en contestar y, cuando lo hizo, fue de una manera fría y distante. También lo hizo con Mussolini, pero sin resultado. Intentó celebrar una conferencia con Francia, Inglaterra, Alemania, Italia y Polonia. Tampoco dio resultado.

El 24 de agosto de 1939, el Papa se dirigió al mundo, al que le decía: «Nada se pierde con la paz; todo puede perderse con la guerra». Nada se consiguió. El 1 de septiembre, los alemanes invaden Polonia. Comenzaba la Segunda Guerra Mundial. El 20 de octubre, Pío XII publica su primera encíclica, la “Summi Pontificatus” condenando el totalitarismo. Lamentó profundamente cuando Italia declaró la guerra a Francia e Inglaterra, en 1940.

En adelante, el Papa realizó todo un conjunto de gestiones diplomáticas para conseguir la paz entre las naciones beligerantes. Durante la contienda organizó una Oficina de Información para localizar prisioneros y prófugos, atendió 9 millones de mensajes, consiguió 77.000 repatriaciones, salvó a los judíos residentes en Roma, los comedores pontificios repartieron 72 millones de comidas y fueron asistidos medio millón de enfermos.