Los obispados y abadías eran repartidos al mejor postor o entre las camarillas de los poderosos, los sacerdotes llevaban en muchas ocasiones una doble vida, y la simonía (negocio con los bienes espirituales) estaba al orden del día.

Para ejercer su gobierno, tuvo que crear un cuerpo de legados pontificios entre monjes de su confianza porque no podía fiarse de muchos obispos que mantenían contra él una actitud hostil. El emperador Enrique IV, viendo que perdía sus privilegios, se enfrentó a él, promoviendo un antipapa de su cuerda y obligando a Gregorio a salir de Roma. Murió desterrado, humillado y abandonado por haber “amado la justicia y odiado la iniquidad”. Aunque muchos historiadores ponen el dedo en algunos aspectos oscuros de su pontificado, lo cierto es que buscó siempre el bien de la Iglesia por encima del suyo propio.

Curiosamente, en la localidad malagueña de Iznate se tiene especial devoción a este santo, que es el patrón del pueblo y el titular de la parroquia.