El título de su tesis doctoral es "La familia en la Teología Moral postconciliar española. Estudio a partir de los aportes de los profesores A. Fernández, E. Azpitarte, M. Vidal y J.R. Flecha". La tesis ha estado dirigida por el profesor Antonio Gerardo Fidalgo y Alberto de Mingo, como segundo moderador. 

Juan Manuel Ortiz Palomo explica que «cuando uno se plantea el reto de hacer una tesis, el primer obstáculo que le sobreviene es decidir sobre qué quiere hablar. Había muchos temas de moral de plena actualidad, pero siempre tuve claro que, aunque fuese más costoso, prefería elegir un tema que pudiera tener alguna aplicación pastoral. Centrarme en el tema de la familia tiene como objetivo iluminar el camino de las familias hoy en día, en nuestra diócesis y en la reflexión teológica; aportar, humildemente, un poco de luz en este tema. El momento en el que decidí todo esto coincide con el proceso sinodal que la Iglesia dedicó estudiar a la familia y dio como fruto la publicación de la exhortación apostólica Amoris laetitia, y en ese proceso es donde se enmarca la elección del tema y el trabajo que, poco a poco ha llegado a su meta».