La etapa que media entre Focio y Cerulario fue de profundo desconcierto. La unión era precaria y así se sostuvo durante dos siglos. El personaje representativo de esta última etapa fue el patriarca M. Cerulario (1043-1058), hombre ambicioso y poco preparado, que recogiendo y sintetizando toda la tradición antilatina, se convierte en el elemento catalizador del desprecio y del odio a la sede romana.

En 1052 dio un decreto mandando cerrar las iglesias y monasterios latinos, con la expulsión de todos los monjes. La razón de esta actitud antimonacal era la autonomía de los monasterios. Reprochaba a los latinos el ayuno de sábado, el uso del pan ácimo, el comer carne de animales ahogados y otras menudencias insignificantes.

El papa León IX decide enviar tres legados para arreglar pacíficamente la situación (1054). Para ello contaba con el apoyo del emperador bizantino Constantino IX, gran amigo de Roma. Cerulario vio con desagrado la embajada papal. No aceptó ninguna negociación. Alegaba que lo dogmático debía resolverse en un concilio ante los obispos orientales. Los legados pontificios presididos por el cardenal Humberto de Silva Cándida no fueron recibidos por el patriarca. Estos perdieron la paciencia y depositaron sobre el altar mayor de la Hagia Sophia una sentencia de excomunión contra el patriarca (julio de 1054) y marcharon de la ciudad.

Llamados por el emperador, regresaron con el fin de arreglar la situación. Cerulario amotinó al pueblo contra los legados. Reunió un sínodo atacando duramente a Roma, concluyendo que la conciliación era imposible, pues Constantinopla era la “Nueva Roma”, la guardiana fiel de la ortodoxia.

Esta excomunión no llegó a ser aprobada por el Papa, pues había muerto unos meses antes, y nunca fue el motivo que provocó el cisma definitivo. La ambición de Cerulario y la falta de tacto diplomático de los legados pontificios hicieron posible esta desgraciada ruptura de la Cristiandad. Cerulario murió en 1058 y el pueblo lo veneró como santo.