Fue iniciada en el siglo XVI, en el año de 1528 siguiendo el proyecto del arquitecto burgalés Diego de Siloé y durante una primera fase se construyó sólo la cabecera mediante pilares con semicolumnas de capiteles corintios.

Tras un parón de más de un siglo, se reanudaron las obras en el siglo XVIII para terminar el cuerpo de la iglesia, a base de grandes pilares con columnas, de los que emergen nuevos pilares con pilastras adosadas, que soportan un entramado de cúpulas semiesféricas.   El resultado es una gran catedral renacentista-barroca de planta de salón, sin crucero acusado en planta, de tres naves de igual altura, aunque de menos anchura para las laterales. El remate es una cabecera de planta poligonal con girola. La fachada principal está ricamente decorada. Está dividida verticalmente en dos pisos, el inferior, el de las tres puertas cobijadas por arco sobre columnas con medallones y el superior con arquerías.

Lo más popular de esta gran fachada es el contraste entre la altísima torre septentrional y la inacabada del sur, motivo por el cual, se denomina al catedral de Málaga, la "Manquita". Otra de las partes notables de la catedral de Málaga es la Puerta de las Cadenas abierta en el costado norte de la seo. Se trata de una puerta rodeada por unas curiosas y gallardas torres semicirculares, llamadas cubillos, sobrias en su parte inferior, a modo de columna monumental (siglo XVI) y muy articuladas y decoradas en sus pisos superiores (siglo XVIII).