La tolerancia o la intolerancia son debidas a diferentes motivaciones, bien políticas, sociales o religiosas, de personas o grupos con ideologías enteramente distintas. A lo largo de la historia, ambas actitudes han sido muy frecuentes pero, en la Edad Moderna, se acentuó la tensión
originada por la coexistencia de diversas confesiones religiosas.

Durante los siglos XVI y XVII, la tolerancia fue muy difícil pues, tanto para católicos como para protestantes, la tolerancia era un grave delito contra la verdad, contra la caridad y contra la unidad política. Teólogos medievales como santo Tomás de Aquino defendían la represión de la herejía, fundándose en que la tolerancia era equiparar la verdad al error. Para muchos teólogos, la tolerancia era igual a indiferentismo religioso. En plena Edad Moderna, dirigentes políticos de uno y otro bando, como Felipe II y Calvino, consideraron que la obligación del príncipe es vengar el honor de Dios ultrajado por herejes y sacrílegos. San Roberto Belarmino condena la tolerancia, pues pone en peligro de condenación a muchas almas al aceptar el error, pues “el pirata hace menos daño que el hereje, ya que aquel mata cuerpos y éste mata almas”. De la misma opinión es Calvino.

Los políticos, pensadores y reyes de la época moderna, tanto católicos (RR. Católicos, Felipe II, Francisco I, Luis XVI) como protestantes (Enrique VIII, Isabel I, Jacobo I) pensaron que la tolerancia era un delito contra el Estado, pues al admitir el pluralismo religioso, se debilitaba la unidad de los ciudadanos, sobre todo, en una sociedad creyente. Los príncipes alemanes defendieron el siguiente
principio: “Urbi unus dominus, ibi sit religio”. Desde la perspectiva actual, no es aceptable la intolerancia, ya que priva de algo tan sagrado como es la libertad que Dios ha concedido a toda persona humana.