Los elegidos para el episcopado han de ser clérigos de “vida honesta”, que sean letrados o de nivel cultural alto, que provengan de la clase media y no de la nobleza y, finalmente, que sean “naturales de estos reinos”. Con esta última norma, los Reyes Católicos pretendían que los obispos fueran españoles y no italianos, pues en caso de un conflicto internacional, ofrecían mayor confianza. A su vez, las rentas de los obispados, que eran cuantiosas, no saldrían de la nación. Y, sobre todo, que los obispos residieran en sus respectivas diócesis, pues en algunas sedes episcopales, los obispos eran extranjeros que incluso no llegaban a pisar suelo español.

Estas medidas fueron altamente eficaces, pues influyeron notablemente en la reforma de todo el clero. Con tal fin, el Cardenal Cisneros fundó la Universidad de Alcalá, que junto con la de Salamanca, serían los centros de los futuros clérigos y teólogos que tanto sobresalieron en el futuro Concilio de Trento. El mismo Cardenal Cisneros reformó la orden franciscana. Benedictinos y dominicos también se unieron a la reforma en sus respectivos conventos.

Digna de mención es la conducta de la reina Isabel, que visitaba los monasterios y conventos de monjas en sus frecuentes viajes por las ciudades españolas. En todos ellos animaba a las monjas a cumplir fielmente las Reglas de cada congregación.

El resultado de esta actuación fue en todos los sentidos muy beneficiosa para la Iglesia Española. Se adelantó en medio siglo a la reforma de Trento, en cuyo Concilio destacó la alta categoría pastoral y teológica de los clérigos y obispos españoles.