El desbordamiento heterodoxo de los siglos XII y XIII que tanto afectó a gran parte de los pueblos de Europa, perturbando su paz social, motivó la necesidad de evitar los desmanes y violencias, especialmente las perpetradas por los cátaros y albigenses.

Los príncipes cristianos como Ramón V de Tolosa, Simón de Monfort, Pedro II de Aragón, Luis VIII de Francia, Federico II, siguiendo la legislación de su época, heredada de siglos anteriores, impusieron severísimas penas, incluso la de muerte, a los herejes.

También el pueblo persiguió a los herejes, cometiendo toda clase de atropellos y crueldades; y no sólo contra los herejes, sino también contra los judíos. La masa popular entendía que los herejes son enemigos a los que hay que exterminar.

Ante el posible abuso de las autoridades civiles de condenar en nombre de la herejía a un inocente, los papas y obispos se vieron en la necesidad de intervenir. Así surgió la llamada “Inquisición Episcopal”. En la dieta de Verona (1184), el papa Lucio III promulgó la constitución “Ad abolendam” contra los cátaros y otros herejes, pidiendo a los obispos que averigüen si hay herejes en sus diócesis con el fin de convertirlos y, en el caso de no retractarse, de castigarlos, bien con la confiscación de sus bienes o con el destierro. El Concilio IV de Letrán (1215) y el Sínodo de Tolosa (1229) urgen los decretos de Verona.

Ante la actitud del emperador Federico II que condenaba a la hoguera a los cátaros (1224), el papa Gregorio IX, con el fin de atajar las arbitrariedades del emperador, creó la “Inquisición Pontificia” (1231). Dominicos y franciscanos fueron designados por el Papa para analizar cuidadosamente, mediante largos procesos, la existencia de una posible herejía en un determinado territorio.