La “Universitas christiana” va desapareciendo lentamente ante el concepto de nación moderna y de monarquía territorial. La Europa unida se fragmenta en diversas nacionalidades.

Comienza un período crítico para el papado, desde la desgraciada muerte de Bonifacio VIII. Era tal la inseguridad de Roma, debida en parte a las luchas de la nobleza romana, que los papas se sienten motivados a residir fuera de Roma. Así ocurrió con el sucesor de Bonifacio VIII. Benedicto XI se vio obligado a residir en la ciudad de Perusa, donde muere poco después (1304). La causa determinante de esta crisis fue el enfrentamiento ente el Papado y el Imperio, entre los sucesores del papa Inocencio III y el emperador Federico II.

La monarquía es cada vez más autoritaria. La vieja sociedad feudal desaparece y surge una nueva clase: la burguesía. La cultura, hasta entonces en manos de clérigos, pasa ahora a manos de laicos; así ocurre con el Derecho, la Filosofía la Poesía, la Medicina. El viejo método escolástico decae. La Filosofía deja de ser la “ancilla Theologiae”. Se agudizan el individualismo y el relativismo. Ya no vale el antiguo adagio “Magister dixit”. El cristiano pretende entenderse directamente con Dios, sin necesidad de la intervención de la Iglesia. El subjetivismo y el relativismo moral se agudizan.

La Europa cristiana se va acercando al humanismo renacentista. Una nueva Europa nace de las cenizas de un pasado medieval que ya ha dejado de ser la Cristiandad.