La actual Congregación de los Santos Patronos fue fundada en vísperas de la festividad de los Santos Mártires del año 1861, en la Parroquia de los Santos Mártires Ciriaco y Paula,  y continua el legado de la anterior corporación promovida en 1582. El rastro de la Congregación, que tuvo gran actividad en sus primeros años,  no lo volvemos a encontrar hasta en el siglo XX.  En 1927 se funda en la Parroquia de los Santos Mártires una Corporación Sacramental que, sólo por el testimonio oral  de las dos únicas personas que habían estado vinculadas  a esta Sacramental, se sabe que, a partir de la guerra civil, ésta venía “unida” a la de los Patronos.  Esta Sacramental fue adoptada por la actual Archicofradía Sacramental de Nuestro Padre Jesús de la Pasión y María Santísima del Amor Doloroso en 1978, asumiendo esta corporación nazarena también el culto a los Patronos desde esa fecha, hasta el año 1987, lo que supone un reconocimiento expreso de la vinculación entre la Sacramental de 1927 y la Congregación de los Patronos fundada en 1861 y no extinguida. 

El 11 de Noviembre de 1988, reunido el Consejo de Pastoral Parroquial presidido por el señor cura-párroco Rvdo. D. Antonio Ruiz Pérez, se acuerda la reactivación de la Congregación de los Patronos, como corporación independiente que se desvincula de Pasión.  El 7 de Enero de 1989 el Obispado de Málaga aprueba sus Estatutos y el Excmo. y Rvmo. Sr. Obispo don Ramón Buxarrais firma el decreto de erección, reconociendo la antigüedad de la corporación al año 1863, si bien descubrimientos posteriores han sacado a la luz el año 1861 como fecha fundacional. La Congregación reactivada hereda todos los títulos que poseía con carácter histórico si bien su carácter Sacramental se desgaja y permanecerá unido a la Archicofradía de Pasión. En estos años, la Congregación ha tenido una continuidad y actividad creciente, habiéndose celebrado el V Centenario del Patronazgo de los Santos Mártires sobre Málaga en 1990, y el XVII Centenario del martirio de los Santos en 2003.   Como hitos fundamentales, hemos de destacar la recuperación de la salida procesional en 1990, que se repitió de forma intermitente en los años siguientes. Tras la restauración de las imágenes titulares en 2001, la salida procesional ha adquirido carácter anual y sin interrupción desde 2002.

Descubrimientos recientes en el archivo parroquial han sacado a la luz la creación en 1950 de una corporación denominada “Hermandad Sacramental y de los Santos Mártires”. Sin duda, debido a la desidia propia de nuestra idiosincrasia, la falta de actividad de las dos sacramentales históricas de la Parroquia las hizo caer en el olvido, promoviéndose por el señor cura-párroco don Luís Vera Ordas la fundación de esta nueva Sacramental que estuvo funcionando durante algo más de una década según conocemos tanto por el Libro de Actas que se conserva como por fuentes orales, con una intensa actividad pastoral. La Asamblea constitutiva tuvo lugar en fecha 18 de octubre de 1950. El archivo de nuestra Parroquial conserva el Libro de Actas de la cofradía, así como una copia fragmentaria de sus Estatutos, que consta fueron sancionados por el Ordinario así como la propia Hermandad como entidad jurídica autónoma de la Iglesia.

La vinculación de esta corporación con la Congregación es evidente por la identidad de los titulares tanto eucarística como en lo que se refiere a los Santos, e incluso física, pues la bandera que actualmente usa la Congregación desde 1988 perteneció a esta Sacramental.

En Cabildo General Extraordinario de esta Congregación celebrado el pasado 24 de Febrero de 2006, se acordó por unanimidad y con el acuerdo del señor cura-párroco don Federico Cortés Jiménez, la agregación de nuestra congregación a esta Sacramental del año 1950, con lo que así recupera su demostrado carácter histórico sacramental, al tiempo de no tener relación alguna con las otras sacramentales que residen en el templo parroquial, por lo que no existe conflicto alguno de identidad con las otras sacramentales históricas, actualmente vinculadas a las Archicofradías del Huerto y de Pasión.

Las actuales reglas, aprobadas por unanimidad en Cabildo Extraordinario celebrado el pasado 19 de Mayo de 2006, y con la debida aprobación del Ordinario, son las segundas que tienen esta Congregación desde su reactivación en 1988, y pretenden ser un instrumento para profundizar en el carisma propio de la Congregación, como instrumento que se ofrece a los hermanos para intensificar su vida y compromiso cristiano, atendiendo a la historia gozosa cuya memoria debemos mantener y difundir; y atendiendo también a los tiempos actuales, tan necesitados el testimonio de fe de los mártires de siempre y de los de hoy. Manifestando nuestro fe en Jesucristo, nuestro amor a la bienaventurada Virgen María, nuestra devoción sincera en San Ciriaco y Santa Paula, mártires y patronos de la ciudad de Málaga, y nuestra adhesión a la Iglesia Una, Santa  Católica, Apostólica, es por lo que venimos a otorgar las presentes Reglas.