Con frecuencia se confunde la Inquisición con imposición de penas, o lo que es peor con la imposición de la pena capital. El resultado de una inquisición no siempre conduce a la pena; ello depende de la existencia o no existencia de errores formales en la fe. El fundamento de la Inquisición radica en la obligación que tiene la Iglesia de defender íntegro el depósito de la fe y de tutelar la unidad eclesial. Lo cual debe hacerlo por medios adecuados, como la enseñanza, la predicación, la corrección fraterna… Si estos medios resultan ineficaces, puede la Iglesia establecer penas de naturaleza espiritual (como la excomunión) en el caso de delitos de índole espiritual.

Cuestión debatida en la historia es si la Iglesia puede imponer penas temporales por delitos espirituales. Desde el siglo XVII, los canonistas lo niegan. Pero los canonistas medievales, hijos de la cultura de la época, en la que tanta importancia se le dio a la fe, lo aceptan. Y es que en la antigüedad, la herejía estaba considerada como un delito de alta traición y como una actividad antisocial, anárquica y subversiva.

Emperadores y reyes como Teodosio, Arcadio, Honorio, Justiniano y muchos mandatarios bizantinos decretaban la pena de muerte a encratitas, maniqueos, y demás herejes. Sin embargo, los Santos Padres de la Iglesia, sostenían como Tertuliano el principio de “Ecclesia abhorret a sanguine”. Es decir, “A la Iglesia repugna el derramamiento de sangre”.