Las Mercedarias de la Caridad fueron fundadas por el beato Juan Nepomuceno Zegrí. Esta congregación hunde sus raíces en la antigua Orden de la Merced fundada por san Pedro Nolasco. Las Hermanas Mercedarias de la Caridad de Málaga señalan: «Concebimos que la historia es un camino de huellas, de señales, de eventos y de acontecimientos llenos de misterio. Un día, 16 de marzo de 1878, comenzó la historia de nuestra familia en esa corriente del misterio de Dios que clama liberación de las esclavitudes. Todo comenzó un 16 de marzo en la ciudad de Málaga, estando los almendros en flor y el cielo iluminado por promesas de primavera. Comenzó, también en Granada, un día antes, cuando las primeras mercedarias tomaron el hábito, en una iglesia presidida por la Madre de Dios, la Virgen de las Mercedes». El P. Juan Nepomuceno Zegrí y Moreno, hombre de Dios y del pueblo, sacerdote granadino, profeta de la misericordia y de la ternura de Dios, mártir del corazón y fiel seguidor de Jesucristo Redentor, fundaba la congregación religiosa de Nuestra Señora de las Mercedes para practicar todas las obras de misericordia, espirituales y corporales en la persona de los pobres. A la luz de su carisma liberador impregnado de caridad, las hermanas Mercedarias de la Caridad recuerdan su lema: «Curar todas las llagas, remediar todos los males, calmar todos los pesares, desterrar todas las necesidades, enjugar todas las lágrimas, no dejar si posible fuera en todo el mundo un solo ser abandonado, afligido, desamparado, sin educación religiosa y sin recursos». 

Actualmente, en la diócesis de Málaga, la congregación cuenta con tres comunidades: la residencia de hermanas mayores, situada en la Avda. Carlos Haya y fundada en el año 1965, cuya actividad principal es atender a las religiosas mayores; la comunidad de la casa sacerdotal en Málaga, cuya actividad principal es el cuidado de la casa y sacerdotes residentes y una comunidad en el pueblo de Alameda que atiende una residencia de ancianos, fundada por el propio Juan Nepomuceno. 

Las Mercedarias de la Caridad, en su web mercedariasdelacaridad.org, han confeccionado una ruta del Padre Zegrí con parada en Málaga: «En la Catedral, vemos el altar dedicado a la Virgen del Pilar, donde el P. Zegrí en los últimos 10 años de su vida, alejado de la congregación, celebraba la Eucaristía diaria. Después nos acercamos a calle Santa María 13, donde murió solo, en compañía de su director espiritual y una sobrina».