La primitiva parroquia de Nuestra Señora de la Encarnación fue construida al abrigo del Castillo, protegida por sus fuertes muros como bien describe el romance fronterizo, al que hacíamos alusión. Por ello, cuando la población se fue ampliando a partir de los siglos XVI y XVII la villa fue creciendo extramuros y junto a ella, su parroquia.

El templo actual se situada en la Plaza Baja, conocida como Plaza de la Despedía y debido a su gran tamaño se empleó casi un siglo en su construcción, concretamente de 1600 y 1699. Se trata de un templo de estilo manierista y planta rectangular con tres naves separadas por robustas columnas toscanas. En el interior del templo destacan, entre otras, el hermoso retablo recuperado por la escuela taller municipal lluro centrando en el misterio de la Encarnación, y las imágenes escultóricas de Jesús Crucificado, obra de Navas Parejo; una imagen preciosa de una Dolorosa, anónima del siglo XVII y una talla de San Francisco de Asís, en madera policromada. Además de otra bella imagen de la Virgen del Carmen.

A unos 2 kilómetros del casco urbano de Álora, en dirección a Carratraca se encuentra el Santuario de Nuestra Señora de Flores, fundado por los Franciscanos Recoletos, de la mano de fray Diego Gómez. La Iglesia cuenta con una sola nave y un altar ricamente decorado con yeserías, de estilo barroco. En su interior está situada la imagen de la Virgen de Flores, patrona de la localidad junto a la advocación de la Virgen de la Cabeza, cuya imagen está en la Capilla de Sta. Brígida en Álora.

El párroco de dicha localidad, Juan de Jesús Báez, al hablar del santuario de Nuestra Señora de Flores que custodia la imagen de la Patrona de Álora, explica que «es un lugar donde se experimentan la paz y el gozo, donde la vida florece, donde huele a santidad, la de los antiguos frailes franciscanos, y allí la sierva de Dios Laura Aguirre pasaba horas en oración. Son muchas las familias que encuentran consuelo y esperanza entre sus muros, allí se respira el amor de Dios».

También en Álora destacan, como recoge en su obra el que fuera sacerdote de la Diócesis de Málaga, Rafael Gómez Marín, “Geografía de la Iglesia de Málaga”«la iglesia de la Veracruz, la capilla de la residencia de ancianos de la Señorita Laura; la iglesia de Santa Brígida, en la Estación; la del Sagrado Corazón, en las Mellizas; la de la Medalla Milagrosa, en el Chorro; y diferentes escuelas-capilla».

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