Al poco tiempo de ordenarse, en 1869, fue nombrado vicario del departamento de San Alberto, una extensión de 4.300 kilómetros cuadrados con una población de apenas 10.000 habitantes en diseminados por las Sierras Grandes con picos de hasta 2.000 metros de altura. El estado de aquella región y de aquellas gentes abandonadas de la civilización era lamentable: sin escuelas, sin caminos... Lejos de amilanarse, el cura Brochero se montó a lomos de su mula “Malacara” y comenzó a recorrer aquellas vastas montañas para conocer la realidad de sus feligreses. Se preocupó por su promoción humana y cristiana, construyendo iglesias, escuelas, capillas, acueductos, caminos... Obtuvo de las autoridades mensajerías, oficinas de correo y estafetas telegráficas, incluso proyectó la llegada del ferrocarril.

Hombre rudo, sencillo y cercano al pueblo, recorría aquellas montañas a lomo de su mula “Malacara” y después de un caballo al que bautizó con el mismo nombre. 

Su poder de atracción era tal que las multitudes lo acompañaban en peregrinaciones de varios días para hacer 200 kilómetros cruzando las sierras para asistir a Ejercicios Espirituales.

No en vano, el papa Juan Pablo II vaticinó que cuando fuera canonizado sería conocido como "el santo cura de Ars de la Argentina". 

Leproso con los leprosos

Con motivo de la beatificación del cura Brochero, el papa Francisco escribió una carta al presidente de la Conferencia Episcopal de su país en la que destacaba la cercanía a los fieles de un pastor que “no se quedó en la sacristía a peinar ovejas”. 

Su actitud de hacerse prójimo del hermano en dificultad, como hizo el buen Samaritano, no estuvo exenta de riesgos. Nada más salir del Seminario, se desvivió por acompañar a numerosas víctimas de la epidemia de cólera que provocó más de 4.000 muertes en la ciudad de Córdoba. Asimismo, a causa de su cercanía a los enfermos de lepra, con quienes compartía incluso el tradicional mate, terminó contrayéndola y muriendo, sordo y ciego, a los 73 años.